他们没有关系。莲花生是藏传佛教宁玛派的祖师，宗喀巴是藏传佛教格鲁派的祖师。藏传佛教主要吸收了大乘佛教和苯教及婆罗门教的融合。印度密教、苯教及佛教就是藏传佛教的主体。
宗喀巴，本名罗桑扎巴，青海湟中县人，幼时从噶当派僧人顿珠仁钦出家于甲琼寺。十六岁进藏深造，先后在前后藏各地投师求法，在噶当、萨迦诸大师指导下，系统学习近二十年，同时为人讲经传教，提倡僧人应持守戒律，颇著声望。明永乐七年初，在帕竹地方政权及其属下贵族支持下，创大祈愿法会于拉萨，又在拉萨东北汪古尔山建立甘丹寺，正式创立格鲁派。著有《菩提道次第广论》《密宗道次第广论》等书。生前将衣钵传给首席弟子贾曹杰·达玛仁钦。圆寂后，由贾曹杰继法位。后其法嗣在蒙古和硕特部及清朝支持下，使格鲁派逐渐成为在西藏地方执政的教派，并在蒙藏地区广泛流行。
莲花生大师，印度僧人，建立藏传佛教前弘期传承的重要人物，西藏密宗红教开山祖师，常被尊称为大师、大士、咕噜仁波切（意即上师仁波切）等。公元八世纪，莲花生入藏，帮助西藏正式建立了佛教传播的基础，因此受到藏族人民的爱戴，尊奉他为藏密的开基祖，是宁玛派的传承祖师。
莲花生大师与宗喀巴大师都是杰出的佛教大师。