在明代，回回已遍布全国。陕西北部延安府和马守应的家乡绥德州以及甘肃东部平凉、庆阳等地，曾是回民分布较多的地区。明中叶以后，由于吏治败坏、军政废弛和土地问题严重，导致流民外逃现象愈来愈普遍。这一带的回民，每当麦熟时节便携带妻小辗转流徙，靠拾麦穗或者卖药来维持最低下的生活，遇到灾荒年景更加贫困无依，便纷纷起来暴动，反抗地方官府。
回民起义常常同汉民联合，即“与荒民合党”，而汉族农民起义也有当地回民参加。为此，陕西官府专门对回民规定了不许持兵器、不许群聚、不许抢掠的禁条，而且设法严防汉族军民“附回”造反。这说明在西北回汉杂居地区，回、汉两族人民的联合斗争成为阶级斗争的一种较为普遍的形式。崇祯元年，陕西大旱，草木枯焦，出现了赤地千里、人相食的惨状。
而明朝官府却不顾人民的灾难，对挣扎在死亡线上的各族农民仍旧“严为催科”，毫不留情，这无异火上加油，更加激起反抗的怒火。长时期的民变和兵变，在天启末年和崇祯初年终于在天灾人祸频繁的陕北、陇东地区汇成了农民大起义的洪流。从明统治者所掌握的情况表明，当时陕西流民武装的成份“有饥民，有镇兵，有回夷”，“回夷”是明统治者对回民的侮辱性称呼，这充分说明回族人民是明末农民大起义最早发难的主力之一。