赤道几内亚首都叫马拉博，位于比奥科岛。是因为其特殊的殖民历史留下的现状，以及考虑到经济发展的需要而造成的特殊现象。
原本比奥科岛属于葡萄牙，后被西班牙所夺取。但比奥科岛孤悬海外，相对于西班牙，比奥科岛距离当时属于英国的尼日利亚、德国的喀麦隆更近。当时的西班牙国力一落千丈，如果德国英国想要搞事情，那么夺取比奥科岛简直易如反掌。最终，迫不得已，西班牙将西属几内亚殖民地的统治中心迁移到了比奥科岛。
由此奥科岛因为殖民贸易兴盛，加上当地居民以契约工人和流放犯人为主、开发程度高，经济较为发达，西班牙将总督府设置在比奥科岛的圣伊萨贝拉，随后一直都是几内亚湾的重要港口与贸易中心。
二战前，当地部落首领马拉博曾经组织义军反抗西班牙殖民统治。但因为实力相差悬殊而败下阵来。二战后，帝国主义国家被严重削弱。非洲大陆掀起了民族独立的浪潮。英法等列强纷纷选择“去殖民化”道路，承认了殖民地独立。
在众多压力下，1963年，西班牙给予了西属几内亚自治的权利。1968年12月，西属几内亚脱离西班牙独立，成立了“赤道几内亚共和国”。
赤道几内亚独立后，因为西班牙统治时期，比奥科岛的圣伊萨贝拉就是总督府所在地，经过了西班牙的开发，经济发展水平高于大陆地区。因此，圣伊萨贝拉具备成为首都的条件。圣伊萨贝拉是西班牙女王伊莎贝拉二世的名字命名，带有极强的殖民色彩。赤道几内亚为了脱离西班牙的殖民色彩，将该城命名为马拉博，以纪念带领反抗西班牙殖民统治英雄。