诸葛亮在蜀国也并不是一帆风顺，而且蜀国的内斗也非常厉害，可能仅次于魏国。诸葛亮虽然是头戴光环出道，但并不是每个人都服他。有一次诸葛亮就和法正争论了一起，双方谁也不让步，后来刘备还是选择了站在诸葛亮这边，双方才安定下来。刘备一直都很信任诸葛亮，自己死后甚至愿意把整个国家都交给他，只是当时的蜀国已经举步维艰了。
献帝建安十九年(公元214年)闰五月，刘璋开城投降，刘备终于占领了益州，初步实现了“隆中对”战略构想的第一步——跨有荆益。刘备阵营一片欢腾，甚至发生进入成都之后哄抢住宅、物资等事件。不过，事态很快便被平息下来，毕竟守住江山比打下江山的难度更大，这一点对刘备而言也是深有体会的。刘备很快便做了三件大事。
首先是对有功人员进行嘉奖，其中诸葛亮被晋升为军师将军，署左将军府事，法正则被任命为扬武将军、蜀郡太守;其次是对投降或归顺的刘璋旧部进行任用，这其中最为有名的人物也算是刘巴，躲了刘备数年，最终还是成了刘备的属下。
刘备所做的第三件大事，便是制定和颁布益州的法令及制度，这便是著名的《蜀科》。据《三国志·伊籍传》载：“(伊籍)，与诸葛亮、法正、刘巴、李严共造蜀科;蜀科之制，由此五人焉”，这个班底可谓是精英荟萃，足见刘备对此事的重视程度。
不过，在法令的制定、颁布及实施过程中，刘备集团内部却出现了较大的分歧，甚至引发了一场争执，对立的双面都是刘备集团的高层——诸葛亮和法正。这一事件被载入《三国志·诸葛亮传》注引《蜀记》之中，事件的本末大致是这样的：
《蜀科》颁布并实施后，部分豪强地主的既得受到损害，反弹之声很快响起，认为诸葛亮刑法峻急，没有度德量力，利用各种关系给诸葛亮施加压力。部分高级官员也开始为他们说话，带头的便是扬武将军、蜀郡太守的法正。法正认为：从前高祖刘邦入关，废除了秦朝的严酷法律，约法三章，宽禁省刑，关中的百姓们都非常怀念他的恩德。如今我们刚刚占领益州，没有垂恩于地方，就已经滥用权威，这种做法非常不妥，应该采取怀柔政策，放宽刑罚和禁令，这样才能安抚他们。
针对这一指责，诸葛亮的立场也非常坚决，甚至写了一封名为《答法正书》的公开信，对法正的观点进行驳斥。除了坚持认为“吾今威之以法，法行则知恩，限之以爵，爵加则知荣;荣恩并济，上下有节。为治之要，于斯而著”之外，还在这封信的一开头写上“君知其一，未知其二”这个毫不客气的用语，足见双方矛盾分歧之激烈。
两大股肱之臣公开发生争执，刘备又是如何处理的呢?史料中对此并无正面的介绍，但在《三国志·简雍传》中的一段记载却将刘备的立场及处理方式展现的淋漓尽致：
时天旱禁酒，酿者有刑。吏于人家索得酿具，论者欲令与作酒者同罚。雍与先主游观，见一男女行道，谓先主曰：“彼人欲行淫，何以不缚?”先主曰：“卿何以知之?”雍对曰：“彼有其具，与欲酿者同。”先主大笑，而原欲酿者。
“天旱禁酒，酿者有刑”无疑是《蜀科》颁布后实行的法令，但官吏们却在实施的过程中发生了矫枉过正的现象。老臣简雍只不过通过一个荤段子提出了这一严重现象，而刘备立即出手加以制止。
这说明了两个问题，首先刘备是支持诸葛亮厉行法治这一立场的，并不赞同法正的怀柔政策。故此，《蜀科》得以顺利地颁布及实施。但在具体实施的过程中，这些制度也出现了种种问题，刘备亲自出手记忆纠正，这既是对诸葛亮的支持，也是对制度当中的不合理之处进行修改和更正。由此也足见刘备对诸葛亮的关心与爱护。
刘备早年能在中原享有盛誉，靠的自然不是背主的恶名，而是出色的地方管理才能。担任平原相期间，“是时人民饥馑，屯聚钞暴。备外御寇难，内丰财施，士之下者，必与同席而坐，同簋而食，无所简择。众多归焉”(见《三国志·先主传》注引《魏书》)，可见是位地方管理的一把好手，管理经验丰富。故此，他才会对诸葛亮政策中的缺漏支持进行修正。