《太平公主秘史》主要讲述的是容貌相似的安定公主和太平公主身份互换后，身陷风起云涌的朝堂纷争中，最后与李隆基一起粉碎了韦皇后的皇帝梦，并扶持李隆基登基为帝，自己从此退隐江湖，出家为尼的故事。
当年武则天生下安定公主后便将她掐死，以此来诬陷王皇后，乳母昭娘在为小公主入殓时发现她还活着，便将她偷偷带出宫，后来武则天成为皇后，再度生下一女，李治封她为太平公主，她在宫内无忧无虑的长大，受尽宠爱。
安定公主流落民间，被教书先生收留后便一直跟着他读书，长大后的安定公主在机缘巧合下认识了突厥的阿史那思慕亲王，两人渐生情愫，昭娘去世前将安定公主的真实身份告诉了她，从那时起仇恨的种子便在她心中生根发芽。
太平公主到吐蕃和亲时，安定公主让阿史那思慕亲王将她劫持，由于两人长相相似，所以安定公主假扮成太平公主回到宫中复仇，太平公主则留在突厥，并在相处过程中爱上了阿史那思慕亲王。
安定公主瞒过了所有人，一直以太平公主的身份生活，虽然她恨极了武则天，但在武则天死前，母女俩还是冰释前嫌，解开了所有误会，为了不让江山落入韦皇后之手，安定公主又与李隆基联手诛杀了韦皇后。
虽然身为大唐公主，但安定公主的生活并不太平，她所做的一切都是用的太平公主的名义，即便她为大唐盛世做出杰出贡献，依旧无法青史留名，但这对她来说已经不重要了，经历了世事变迁后，出家也成为她最好的结局。