说到司马元显这个人还是挺有意思的一个人，但是结局却十分的不好，最后他竟然被杀了，而且还是和自己的其他几个儿子一起被杀的，有的网友也问了，他不是东晋的宗室吗?为什么会被杀掉呢?而且是全家都被杀这样的，下面我们不妨就着这个问题一起来分析揭秘看看具体的情况吧!
司马元显被桓玄所杀时，只有二十一岁，他的儿子有多大，可想而知。桓玄把未成年的小娃娃都杀了，对司马元显一家是多大仇、多大恨，可想而知。
桓玄与司马道子，可以说是势不两立的对手。
要提到司马元显，还得说说他的父亲司马道子。司马道子是东晋时代著名权臣，长期把持朝政。不过，东晋一朝，朝廷与地方之间的对抗始终没有停止过。为了压制地方势力，司马道子不断向各州郡渗透自己的势力，激起地方实力派的不满，终于引发兵变。青州刺史王恭、荆州刺史殷仲堪、南郡公桓玄等地方大吏联合起来，起兵对抗朝廷。
在这场朝廷与地方的对抗中，司马元显粉墨登场。这年他只有十七岁，史书称他：“虽年少，而聪明多涉，志气果锐，以安危为己任”，少年英雄之形象跃然纸上。与父亲的软弱相比，司马元显相当强硬，力主以武力平乱。老爹司马道子仿佛抓到一根救命稻草，索性把军政大事都交给儿子司马元显去处理。
司马元显被朝廷任命为征讨都督，他虽然年轻，果真是有几分本事，颇有机谋。他暗中派人秘密收买王恭部将、北府军名将刘牢之，唆使其倒戈。刘牢之呯然心动，遂倒戈相向，攻打王恭，将他俘虏后，送往建康斩首。
桓玄等人上书为王恭鸣冤，认为王恭不是晋之乱臣，而是忠臣，要求诛杀刘牢之以谢天下。为缓解与地方实力派的矛盾，司马元显让老爹卸去司徒与扬州刺史之职，自己出任扬州刺史。
为了对抗桓玄等地方诸侯，司马元显拼命扩充实力，企图建立一支属于自己的强大武装。为了扩充军队，他做出一个决定：发东方诸郡免奴为客者，移置京师以充兵役。这命令激起东方诸郡的大动荡，在此背景下，爆发了东晋历史上时间最长、破坏力最大、影响深远的孙恩、卢循起义。
在司马元显被孙恩起义搞得焦头烂额之时，桓玄与以前的盟友殷仲堪、杨佺期反目，经过一番较量，消灭对手，成为实力最强大的地方大吏，兼任荆州、江州刺史，都督八州诸军事。
桓玄与司马道子、司马元显父子不仅是政治上的敌人，也有私人恩怨。桓玄的父亲就是东晋一代权臣桓温，父亲死时，他年龄还很小。按理说，以桓氏家族之显赫，桓玄长大后出任军政要职是再正常不过了。然而，司马道子对桓玄极尽压制，桓玄二十三岁时，才给了一个“太子洗马”不痛不痒的官职。不仅如此，有一次他还当着桓玄的面说：“你老爹桓温当年来京师，想篡权当国贼，你怎么看?”从此以后，桓玄对司马道子怀恨在心，寻思报复，恒氏与司马氏从个人仇恨上升到家族仇恨。
司马元显对桓玄的坐大非常不安。公元400年，司马元显兼任扬州、徐州刺史，都督十六州诸军事。这十六州，包括桓玄的所有地盘。也就是说，司马元显准备接管桓玄八个州的兵权。很明显，摊牌的时间到了。司马元显控制的朝廷将以强硬的手段对待不臣的地方诸侯。
桓玄不甘示弱，上书朝廷，抨击司马道子父子所用非人，“今之贵要腹心，有时流清望者谁乎?”小人当道，才导致“今日之祸”。他还不无讽刺地写说，朝中大臣怕惹祸上身，谁都不敢说真话，我桓玄远在外地，才敢披露这样的事实。
到这个时候，口水战显然解决不了问题，只能用拳头解决了。
司马元显自恃手中拥有刘牢之北府军这张王牌，打算先下手为强。
公元402年，朝廷发布诏令，宣布桓玄之罪状，并以司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事，主持讨伐事宜。桓玄上书朝廷抗辩，历数司马元显的罪状，同时以攻代守，率领舰队浩浩荡荡地沿长江而下，兵锋直指首都建康。
“成也萧何，败也萧何。”对司马元显来说，成为刘牢之，败也刘牢之。当年他收买刘牢之，击破王恭;如今事情倒过来，桓玄收买刘牢之，坑死司马元显。刘牢之突然倒戈，完全打乱司马元显的部署。这时他已经无力阻止桓玄的进攻了。桓玄兵临建康城下，朝廷军一战即溃，司马元显束手就擒。
司马元显搞政治阴谋是一流的，自从他执政后，确实给桓玄吃过不少苦头，因而桓玄对他恨之入骨。桓玄控制朝廷后，大开杀戒，司马道子、司马元显及其子均遭毒手。司马元显死时只有二十出头，这么年轻就执掌朝政多年，可谓是少年英俊，可惜他只有小聪明，没有大智慧。他是政治权谋的高手，但政治权谋不等于政治智慧。政治智慧是通过成就别人来成就自己，政治权谋是通过整垮别人来成就自己。他的出发点都是私利，而无公心。你都想着私利，别人自然一样，你能出卖别人，别人也能出卖你。只知权术而不知行仁政，最终还是被小聪明给害死了。