锦衣卫的首领称为指挥使，一般由皇帝的亲信武将担任。而东厂、西厂的首领是宦官，即内臣。锦衣卫有巡察缉捕之权，从事侦察、逮捕、审问活动；东厂职能主要是要监督朝中大臣的举动；西厂除了负责皇宫的警戒工作外，还要乔装深入民间，探查百姓的风闻动向等。
明朝时期的东厂、西厂和锦衣卫的联系：东厂、西厂、锦衣卫都成立于明朝，这三个机构都从属与司法机关，并且直属于皇帝。西厂、东厂和锦衣卫的成立都表明了明朝的中央集权达到了巅峰。
锦衣卫成立时间最早，可是权利却被东厂后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系。西厂在明宪宗时期，作为朝廷的一个临时产物而存在，而它的存在时间犹如昙花一现。但它的职权比东厂和锦衣卫更大。