两江总督是一级长官，清朝九位最高级的封疆大臣之一，负责大区域军政事务，职权最重，封疆大吏大致相当于现在的省委书记加军区司令员的职位。形成原因是清朝的地方行政制度，清初江苏和安徽两省辖地同属江南省，因此初时该总督管辖的是江南和江西的政务，因此号两江总督。
两江总督前身为顺治四年所设置的江南江西河南三省总督。清朝的地方行政制度实行的是督抚制。每个省设一名巡抚，为主管一省民政的最高长官，总督权力比巡抚大，但与巡抚之间没有直接的隶属关系，总督和巡抚都是对上直接听命于皇帝。不同的是总督可以管数省，侧重军事，巡抚只管一省，侧重民政。