朱允炆削藩一共削了5个藩王，其中只有1个湘王朱柏举家自焚而死，其他藩王并没有死，只是都被废为庶人。轮到燕王朱棣时，朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”。史称“靖难之役”。建文朝廷和燕王之间开始了一场持续三年的军事对峙。最终击败朱允炆，登基为帝。
明太祖朱元璋即位后，将自己的儿子们分封为藩王，其中秦王、晋王、燕王、代王、谷王、辽王、宁王、庆王、肃王为九大塞王，领兵驻守边塞，这些藩王都有“护卫甲士“少者千人，多者至万九千人”公侯大臣见了他们都要“伏而拜谒”，地方上的一些大事以及军队调动，都要向当地藩王禀而后行。
朱允炆为皇太孙时，便已担心诸王拥兵自重、多行不法，开始考虑削弱藩王的权力。朱允炆即位不久后，便开始着手削藩。齐泰认为，应当先削诸王中势力最大的燕王朱棣，而黄子澄认为周、齐、湘、代、岷诸王在洪武时期已有不法行为，削之有名。应当先削夺周王，周王与燕王同母，削周王相当于剪燕王的手足，朱允炆采纳了其建议。
洪武三十一年（1398年）八月，周王朱橚有罪，被废为庶人，流放云南；十一月，命工部侍郎张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，暗中监察燕王府中事；建文元年（1399年）二月，下诏诸王不能节制王府的文武官吏；三月，为了防备封在北平的燕王朱棣，削弱其兵力，朱允炆令都督宋忠、徐凯、耿瓛率兵驻扎在北平周围的开平、临清、山海关，又将北平、永清二卫的军马调至彰德和顺德；夏四月，湘王朱柏无以自明，自焚而死，齐王朱榑、代王朱桂因罪废为庶人；六月，岷王朱楩有罪，废为庶人，流放漳州。建文元年秋七月（1399年8月），燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”。