1911年辛亥革命推翻了封建帝制，次年建立了中华民国。《中华民国临时约法》中明文规定：西藏是中华民国22行省之一。此后正式颁布的《宪法》等法律法规，也都明确规定西藏是中华民国的一部分。
1912年7月，民国政府设立管理蒙藏事务的中央机构——蒙藏事务局（1914年5月改称蒙藏院），并任命中央驻藏办事长官，直属国务总理，例行清朝驻藏大臣职权。1929年蒙藏院改制为蒙藏委员会。1940年4月，蒙藏委员会在拉萨设立驻藏办事处，作为中央政府在西藏的派出机构。第十四世达赖喇嘛本人的认定、坐床也是经当时中华民国国民政府批准的。
民国时期的大量档案记载证明，民国时期的历届国会、国家最高权力机关、全国性议事机构或历次国民大会，达赖喇嘛、西藏地方政府和班禅额尔德尼都派有代表参加，并被选举或委任各种国家公职，参与国家事务管理。
西藏地方
西藏地方为中华民国以及中华人民共和国曾设置的省级行政区之一。1912年中华民国成立后设置，与蒙古地方同为中华民国同以“地方”为名的特别行政区划，该行政区为直属中央的一级行政区，相当于省级。1912年12月中旬，十三世达赖喇嘛回到拉萨，重掌西藏地方政府噶厦（西藏地方政府），实际掌管西藏地方和西康省的西部地区。西藏和平解放后，中华人民共和国政府继续沿用此行政区划，直至1965年西藏自治区成立。
1911年，中国爆发辛亥革命，1912年建立了合汉、满、蒙、回、藏等民族为一体的共和国——中华民国。中央政府一如元、明、清三朝，实行对西藏地方的治理。1912年中央政府设蒙藏事务局（1914年改称蒙藏院），主管西藏地方事务，并任命了中央驻藏办事长官，派员赴藏宣慰并恢复被清廷革职的十三世的名号。
1927年，南京国民政府成立。1929年国民政府设立蒙藏委员会，主管西藏地方和蒙古地方等少数民族地区行政事宜。1940年，国民政府在拉萨设立蒙藏委员会驻藏办事处，作为中央政府在西藏的常设机构。
西藏地方政府多次选派官员参加国民代表大会。中华民国期间，外患不已，内乱频仍，中央政府孱弱，而达赖喇嘛、班禅额尔德尼继续接受中央政府册封，获得在西藏地方的政治、宗教上的合法地位。十四世达赖喇嘛拉木登珠的任职，就是经由国民政府主席颁令批准的。
蒙藏委员会
蒙藏委员会，沿袭于清朝的理藩院，于1912年成立。是中华民国时期及过去中国台湾当局掌管蒙古、西藏等地区少数民族事务的中央机关。
清朝入关后，设置蒙古衙门，掌管蒙古地方事务，崇德三年（1638年）更名理藩院，成为掌管蒙古与西藏地方事务的专门机构，光绪三十二年（1906年），改为理藩部。辛亥革命后，中华民国政府改造清政府的理藩院，于1912年4月成立内务部之蒙藏工作处，同年七月改为“蒙藏事务局”，负责掌管蒙古、西藏等地少数民族事务。
1914年袁世凯将蒙藏事务局改为直属大总统府的蒙藏院，直属北洋政府总统府。1928年3月21日，国民党中央政治会议，第133次会议修正通过《国民政府蒙藏委员会组织法》，明确了蒙藏委员会的相关职能和行政地位。
2017年11月台湾废止“蒙藏委员会组织法”，已有90年历史的“蒙藏委员会”正式被废。
设立原因
南京国民政府成立后，结束了军阀割据的局面，在内政、外交上暂时得到了统一，中央政府对西藏事务信心大增。当时，就西藏方面来说，达赖喇嘛开始主动亲近中央，同时对新生的国民政府也充满期待，这为南京国民政府解决藏事奠定了良好的基础。
民国初年，达赖喇嘛和北洋政府的关系极其恶化，表现在：一是发生了民元“藏乱”；二是中央所派入藏官员及宣抚使等都不能正常履行职权，甚至不能入藏；三是达赖对中央的态度极其冷淡。自20年代起，达赖对中央的态度明显改善，允许“甘肃代表团入藏”和派代表到雍和宫任职是两个典型事件。虽然甘肃代表团非中央政府所派，但它是民国时期第一个入藏代表团，被允许入藏说明达赖态度的重大转变。
况且，甘肃代表团是负有“解释嫌疑，联络感情”的政治任务入藏的。通过和西藏众多官员的接触，首次了解了西藏高层集团的思想动态，为处理西藏问题提供了珍贵材料。在甘肃代表团入藏后，达赖即派一名堪布到雍和宫任职，1923年达赖又派亲信贡却仲尼到雍和宫任职。
贡却仲尼的地位高于以前任职雍和宫的喇嘛，并与西藏上层有着密切关系。此后，贡却仲尼在沟通中央和西藏地方间关系发挥了很大作用，他的政治意义无疑更大，是达赖主动和中央改善关系的重要一步。虽然这种改变还远远不够，但它毕竟是好转的开始，为蒙藏委员会的建立奠定了基础。