1917年9月1日，国会非常会议举行大元帅选举会，孙中山以84票当选为大元帅。翌日选举元帅，唐继尧、陆荣廷当眩余一名元帅预定为程壁光，但程表示不愿居此名义。同日下午，众议院议长吴景濂及国会议员数十人，乘舰至黄埔，举行大元帅授印仪式。
吴景濂致大元帅颂词道：“民国不造，倪、张倡逆。国会解散，大法扫地，以后清廷复辟之变，段祺瑞与张勋，同恶相倾，迭为起灭。屠清斯覆，而大总统亦被废斥。景濂等依准法国前例，开非常会议于广州。金谓大盗移国，非武力不能熔治，西南各省与海军第一舰队，兵力雄厚，士心效顺。而部曲散漫，未有统帅，殊不足以取齐一之效。决议置海陆军大元帅一人。前临时大总统孙先生文，手创民国，内外瞻仰，允当斯任，即日赍致证书，登坛授受。悃忱未尽，复申是言。所愿我大元帅总辑师干，歼灭群丑，使民国危而复安，约法废而复续，不胜郑重期望之至。”
孙中山致答词说，“文以不德，忝为共和先导。民国成立，六年于兹，而枭雄畔换，频烦不已，文不能救，自念无以对我邦人兄弟。今者叛督倡乱，权奸窃柄，国会解散，元首迁废。此诚勇夫志士发愤倡义之时也。而迁延数月，大兵未举，政府未立，内无以攘寇乱，外不足以示友邦。文以国会诸君不释之故，不得不统摄军政。任职以后，唯当竭股肱之力，攘除奸凶，恢复《约法》，以竟元年未尽之责，雪数岁无功之耻。责任在躬，不敢有贰，诸所举措，亦唯国会诸君实匡逮之。”
10日，孙中山在广州就任海陆军大无帅，正式另立政府以与北京政府对抗。他发表就职宣言表示：“艰难之际，不敢以谦让自洁，即于六年九月十日就职。冀二三君子同德协力，共赴大义。文虽驽钝，犹当荷戈援枪，为士卒先，与天下共击破坏共和者！”