秦琼没有参与玄武门之变。秦琼和李世民关系非常好的，而且经常一起出征打仗。两个人也是比较默契。但李世民发动玄武门政变时，秦琼却没有参与，到底是怎么回事呢？
李世民是我国古代一个丰功伟绩的帝王，但是他的污点就是玄武门之变。作为二皇子的他，虽然战功显赫，李唐的大半天下都是他和自己的私臣打下来的，但是在他上头还有一个李建成，按照我国的嫡长子制度，李世民并没有入选皇帝的可能。
但是自己的功劳那么大，手底下的人也摩拳擦掌，一直劝说李世民早点除掉李建成和李元吉，在夺嫡的过程中，李世民逐渐被李渊所厌恶，李世民集团知道，一旦李建成当上了帝王，他们几乎都会死无葬身之地，在手下将领和谋臣的劝说之下，最后爆发了玄武门之变。
玄武门之变说到底也是一场谋反的行为，秦琼是一个非常忠义的人，对于自己的名声非常看重。
所以在后面的很多历史材料之中，都没有记载玄武门之变当天秦琼的出场，反而是尉迟恭等人的主场。事后，魏征就为此事还说了原因：秦琼是一个良臣，但是不是一个忠臣，他会忠于江山社稷和国家，但是不会因为一个人去动摇国家的根本，即使自己的效忠的是李世民。
说个题外话，其实李渊对秦琼也是比较好的，在美良川之战时，宋金刚和尉迟恭带领军队仗着自己武力超群，差点打的李渊想放弃长安，这个时候李世民主动请缨，他带着秦琼和程咬金对阵宋金刚和尉迟恭。结果八战八胜，打的尉迟恭等人一阵懵逼，最后还不得以放下武器投降。原本毫无胜算的李渊军队反败为胜，最后李渊拉着秦琼的手说：
卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？卿当勉之。
话是这样说，但是会不会真的割肉给秦琼吃，这个我就不敢肯定了，但是能让李渊说出这样的话，可见李渊是多么喜欢秦琼。秦琼是一个忠义的人，感恩李渊的提拔和认可，在夺嫡之中处于中立的位置，也是一种报恩的行为，那么秦琼不参与玄武门之变也就变得可以理解。
因为有正史作为参考，同时也有魏征等人说辞，所以关于秦琼没有参与的说法言之凿凿，而他战功显赫但却位列24功臣倒数第一，也激发了人们的联想，就是因为他没有参与玄武门，所以让李世民感到厌恶，即使战功显赫也要把他排在最后。这个功臣榜倒是成为佐证。