两者的区别是：总督权力比巡抚大，但与巡抚之间没有直接的隶属关系。总督和巡抚都是对上直接听命于皇帝，不同的是总督可以管数省，侧重军事，巡抚只管一省，侧重民政。
总督：
通常指一个国家的某片相对自主的区域中实际或名义上的最高行政长官。清朝时对统辖一省或数省行政、经济及军事的长官称为“总督”，尊称为“督宪”、“制台”等，官阶为正二品，但可通过兼兵部尚书衔高配至从一品。
与只掌握一省行政事务的巡抚不同，总督兼管数省，同时在政务之外也兼掌军务。有直隶总督、两江总督、四川总督、闽浙总督、云贵总督、湖广总督、两广总督、东三省总督和陕甘总督。
巡抚：
是中国明清时地方军政大员之一。又称抚台。巡视各地的军政、民政大臣。清代巡抚主管一省军政、民政。以"巡行天下，抚军按民"而名。
前期督权远过于抚，如两江总督按例兼辖江苏、安徽、江西三省，而末期安徽、江西两抚即不再听命于总督。北周与唐初均有派官至各地巡抚之事，系临时差遣，“巡抚”亦未成为官名。