华佗是被曹操杀死的，曹操将其投入监狱，严刑拷打而死。
曹操听说华佗医术非常精湛，有起死回生的能力，于是派人请他到府上做自己的私人医生。华佗到曹操府上待了一段时间，然后以思念家人为由，请假回家。之后曹操多次写信让华佗回到曹府，华佗推说妻子生病，不愿前往。此事引起了曹操的怀疑，曹操派人来到华佗家里，发现华佗的妻子没有生病。此时曹操明白，华佗是在待价而沽，想要谋取到更高的官职。于是曹操愤怒之下派人抓了华佗，把他关进了监狱，最后华佗在牢里被严刑拷打致死。
华佗与董奉、张仲景并称为“建安三神医”。被后人称为“外科圣手”、“外科鼻祖”。华佗还有很多治病救人的故事，例如：有一位极漂亮的姑娘，已经过了结婚的年龄，可是仍没有嫁人，因为常期以来她的右膝，长了个疮，不断往外流浓水。华佗看过后，她父亲问女儿的病情，华佗说：“派人骑马，牵着一条栗色的狗跑三十里。回来后，乘狗身子正热时截下狗的右脚，拄在疮口上。”不一会儿，有一条红色的小蛇从疮口中出来，进到狗的脚中，那姑娘的病就好了。这个故事出自于《独异志》。