明朝的首度叫应天府和顺天府。明朝共有两个首都，一个是朱元璋定下的首都应天府，也就是南京，一个是后来朱棣即位后将首都迁到顺天府，也就是北京。
朱元璋称帝之后，以应天府（南京）为京师，国号大明，年号洪武，而朱元璋之所以将南京选做首都，一是可能因为南方相对于北方来说比较稳定，二是南方的经济比较发达，可以为朱元璋四处征战提供经济基础，三可能就是一些风水方面的原因了。随后朱元璋一路征战，攻占了元大都也就是现在的北京，彻底结束了蒙古在中原的统治，然后继续出战，直至天下初步稳定。
朱元璋驾崩之后，太子朱标早死，由皇太孙朱允炆即位，欲铲除朱棣，朱棣在姚广孝的建议下以“清君侧，靖内难”的名义起兵，最后率军南下，攻占南京，史称靖难之役。朱棣即位之后，将北平改名北京，然后迁都北京，这就是明朝的第二个首都，此后，明朝也一直将北京作为首都。