康熙于康熙二十二年（1683）年收复台湾。康熙十九年，清朝平定了三藩之乱，此时除台湾以外的全国大陆基本统一，只有台湾继续孤悬海外，不利于中央集权国家的巩固和统一，直到后来才正式收复台湾。
康熙十二年，即公元1673，南方发生了“三藩”之乱，郑经利用清廷忙于平定吴三桂、耿精忠叛乱之机，率军攻占了闽、粤沿海的泉州、漳州、兴化、潮州、惠州五府和闽西北的汀州、邵武两府。
康熙十五年，即公元1676年，清廷派军队入闽，由于耿精忠又反水降清，与清军联合攻打郑经，郑经孤军不支，只好退守金、厦，当时清军因吴三桂叛乱尚未平息，无力渡海，所以仍采取招降政策。
所以清军与郑经仍成对峙局面，其后，清廷派康亲王杰书、福建总督姚启圣极力招抚郑经，尽管郑经一再拒绝招抚，但由于其部属将领和兵丁纷纷降清，郑经被迫收缩防务，主要兵力撤回台湾。
康熙二十年（1681年），郑经中风而死，台湾郑氏王朝发生政变，年仅12岁的郑克塽继任延平王，大权实际上为冯锡范、刘国轩掌握，郑氏官员向心力开始动摇，负责与清朝谈和的傅为霖甚至愿当内应，姚启圣认为是进攻台湾的好时机，向康熙帝推荐施琅。
康熙二十二年（1683年），康熙以施琅为福建水师提督，出兵攻台，在澎湖大败刘国轩所率领的郑氏海军，收复了台湾，清政府在台湾设一府三县，隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千，在澎湖设副将一员，兵二千，从而加强了中央对台湾的管辖。