明朝内阁制度形成时期长，而且始终没有取得法定的地位，始终不是中央一级正式的行政机构，但体系完整，模式固定。内阁与皇权矛盾重重，又始终屈服在皇权的重压下。内阁受制于司礼监，矛盾深刻，但又不得不走司礼监的路子。内阁与六部经常互争雄长，矛盾重重。内阁中矛盾激烈，尤其嘉靖以后。
内阁在明代从形成到演变的过程中，逐渐在中期形成了一套比较稳定的制度惯例。在这种制度惯例下，内阁成员不是皇帝直接可以任命的，而是必须经过推选，不经过推选的内阁没有合法性。
朱元璋对于繁琐的政务,还可以勉强应付,但开国几代后的帝王中却是生于深宫之中,面对着千变万化的各种政务,必然手足无措,最后只有依靠内阁,甚至是委权于宦官.这样,就使大权渐渐落入大学士之手,像张居正成为没有宰相名份的宰相,内阁成为没有中书省名份的中书省,明后期甚至形成了非常严重的宦官专权局面。
皇帝对于内阁和大学士的防控对明朝中后期的政治造成了怎样的影响。给宦官参政开了方便之门,是导致明朝中后期政治统治日益黑暗的重要原因。