因为张无忌虽然退位但是有全武林的支持，加上他自己本身武功高强，朱元璋虽然拥有一国之力但左右不了江湖，想杀他不容易。而且张无忌对他的皇位没有影响，因为他知道张无忌一定会归隐山林，没必要去刻意杀他。
拓展资料：
在《倚天屠龙记》一书的最后一章，金庸老先生描写了张无忌如何按照武穆遗书所述，在少室山指挥武林群雄智退元兵，而后明教徐达、常遇春领兵前来击破元军。明教在江湖中威望自此完全洗脱了魔教的称谓，与武林正派内斗停止。而明教手下坛主韩童山、徐寿辉、朱元璋此时已成为红巾军几只最强大的反元势力，星星之火，已成燎原之势。
金庸先生不让张无忌当皇帝，是因为不适合。最大的原因是张无忌随遇而安，容易被外界干扰的性格特点。在少室山智退元兵时，论德行、论威望、论势力，张无忌离皇帝宝座已经无比接近了。张无忌从小绝大部分长于隐居的生活，为了符合前后的人物性格一致性，张无忌可以被形势所迫当明教教主，但是成为不了张皇帝。