慈宁宫始建于明代嘉靖十五年，明朝万历年间慈圣李太后，还有万历帝的郑皇贵妃、昭妃等人都曾经在此地居住过，虽然贵为前朝的妃子，但在当时过得也比较幸福。到了明朝熹宗年间，皇帝死后皇贵妃等人又移居到这个地方。慈宁宫是供前朝皇妃居住的地方。按照封建礼仪，新上任的皇帝不能与先皇的妃子同居东宫，所以为了能够安置好先皇的妃子们，皇帝就特建造了慈宁宫给她们居住。
清朝顺治十年，孝庄文皇后始居慈宁宫，自此这个地方就成为太皇太后和皇太后的住所，太妃等人随居。顺治、康熙、乾隆三帝以孝出名，慈宁宫经常举行为太后庆寿的大典。特别是太后寿辰时，皇帝亲自率众行礼，并与近支皇戚一同彩衣起舞，礼节十分隆重。不过道光之后，随着清王朝走向没落，国库空虚，当时的恭慈皇太后不得不缩减宫中开支，慈宁宫才逐渐失却往日的辉煌。