朱棣的生母目前最为可信的论调是认为朱棣的生母是元顺帝的妃子碽妃，而在《明史》和《明实录》等许多正史中，明成祖的生母一直被记载为朱元璋的发妻马皇后。按理来说，正史的可信度应该很高才是，但朱棣的帝位并非朱元璋所传，而是篡夺自己侄子建文帝朱允炆皇位，在古代，要想名正言顺的篡位登基，首先要做的就是让自己有足够的资本，成祖朱棣的做法就是把自己从一个妃子所生的历史事实篡改成马皇后所生。想以嫡出的身份来正名自己的皇帝位置，也因此碽妃被湮没在了历史之河中。
但是这个事实却记于主管礼仪的机构太常寺的《南京太常寺志》，后书遗失，在后来的《国史异考》、《三垣笔记》中也有所提及。陵神位的摆布为左一位李淑妃，生太子朱标、秦王、晋王，右一位碽妃，生成祖朱棣。古代神位的摆放是严格按照身份来的，而《三垣笔记》更是指出，钱谦益（明末大学问家，后投降清朝）曾于弘光元年（1645年）元旦拜谒明孝陵，发现孝陵神位的摆布正如《南京太常寺志》中的记载，碽妃的灵位在右第一位，足见其身份之高。
史书中记载：“高皇配在天，御幄神所栖。众妃位东序，一妃独在西”，正是印证了这种猜测。后来，明末史学家谈迁，更是直言明成祖乃是碽妃所生。而在皇家宗谱中，记载明成祖生母为马皇后，只是因为明成祖以嫡子自称，史官不敢违逆而已。
由此可见，对于碽妃的猜测，应该是最接近真相的一种。而后世史学家陈寅恪、吴晗、傅斯年等人，也都在考证之后得出结论，认为明成祖是碽妃所生。
从目前来看，这种说法确实最为可信。