有人从自然现象上试图找到这种现象的原因。一些人认为是由于太平洋赤道信风减弱，造成了“厄尔尼诺”现象。另一些人认为是由于西太平洋赤道东风带的持续增强，造成了太平洋洋面西高东低的局面，才形成了“厄尔尼诺”现象。还有一些人认为，由于东南和东北太平洋两个副热带高压的减弱，分别引起东南信风和东北信风的减弱，造成赤道洋流和赤道东部冷水上翻的减弱，从而使赤道太平洋海水温度升高，形成了“厄尔尼诺”现象。还有人从地球的运动方向上找原因。持这种看法的人认为，“厄尔尼诺”现象的出现，与地球自转速度大幅度持续减慢有关，一般出现在地球自转由加速变为减速的时期。关于“厄尔尼诺”现象的成因，能有这么多种说法，说明至今还没有一种具有绝对说服力的权威观点，还需作进一步的研究和探讨。