早期的观点认为翼龙是恐龙的一种，但很快有学者表示了反对。他们从古代英语词汇恐龙的词义出发，认为恐龙是表示“恐怖的蜥蜴”，从而得出恐龙是指一种直立行走的陆生爬行动物，于是他们认为翼龙不是恐龙。因为翼龙有翅膀，能飞行，人们纷纷猜测它们与鸟类、蝙蝠类是否有某种亲缘关系。但是翼龙跟鸟类的翅膀是不一样的，它的翅膀间没有羽毛，而是由一层膜组成。但它们的膜和蝙蝠也不相同，它只用一个足趾伸展翼膜，翼间还有具有支撑作用的纤维保持两翼的形状。最近，在中国国内及世界其他地方出土了一些新品种的翼龙的化石，科学家发现了翼龙两翼表面有羽毛覆盖的证据。虽然被他们找到的还只是一些非常细小、就像头发一样的细丝，但人们相信，随着更进一步的研究发现，翼龙的更多特征将被揭示出来，翼龙的归属问题以及其他相关谜题肯定会有被揭秘的一天。