据说《三个哲学家》这个名称是米开朗基罗给加的，但人们似乎不太愿意认同这个名称，纷纷给作品命了其他名称，如《三个占星术者》、《三个数学家》和《两个数学家在培养马克·奥利略》等。也有人从人物的服饰造型出发，推测画面描绘的是《圣经》传统题材“东方三博士”。1932年，人们用Ｘ光透视设备检查了画面，又发现画中人物的衣服有过变动，如右侧老人本来戴的不是头巾，而是形似古希腊的桂冠。中间的中年男子原先穿的不是东方服装，而是摩尔人的模样，由此推断，画家的本意或许是想画三个预言家。虽然是众说纷纭，但没有哪种说法更让人信服，所以画中三人的身份是什么，至今仍是未解之谜。