烤羊肉串中潜藏着对食用者身体健康十分有害的物质。据报道，羊肉串在炭火上烘烤时，脂肪滴落在炭火上燃烧产生的烟雾中含有大量的致癌物质3，4-苯并芘。据北京市卫生防疫部门抽样检测报告，在2公斤烟熏制成的烤羊肉串中，含3，4-苯并芘4微克，超过世界卫生组织规定含量的4倍，比1000支香烟所含的还要多。3，4-苯并芘是国际医学界公认的最强烈的致癌物质之一，能引起皮肤癌、食道癌、胃癌、肺癌等多种癌症。
烤羊肉串属于高温速制食品，常常是表面焦化而中心部分仍半生不熟。在生羊肉中可能沾染多种病菌，如布氏杆菌、结核分支杆菌等，还可能存活着某些寄生虫，如肺丝虫、华支睾吸虫、细粒棘球绦虫等。如果食用这种半生不熟的烤羊肉串，难免会因感染病菌或寄生虫而患病。
另外，目前的烤羊肉串多是在闹市区街头露天制作、出售，车辆、行人扬起的灰尘不时落在生、熟羊肉串上。据测定，每克城市灰尘中所含细菌数以亿计。尤其是在烤制后，在没有立即食用的羊肉串表面的落尘中，成活的病菌更多。再者，街头烤羊肉串所用的铁钎很多都是两端外观一样，不经任何消毒处理反复使用，常常是前一位顾客拿在手中的一端，送还后立即被制作者串上了生羊肉。据测定，即使是洗净的手指在3小时后，也会沾有30万个细菌，还可能有肝炎病毒、蛔虫卵等。在烤制时，中间部位温度较高，而两端温度往往达不到杀灭所有细菌和病毒的高度。所以，为了健康，冬季忌吃街头烤制的羊肉串。