这次爆炸的元凶是谁呢？有人认为是雷电引爆了囤积在王恭厂的几百吨黑色炸药。但从爆炸强度分析，这些炸药并不足以产生如此巨大的破坏力。而且从当时的记录来看，爆炸并没有造成高温和大火。最奇怪的是，有些人竟然毫发无损，只是身上的衣服突然全部不翼而飞。后来，人们在昌平西山发现了这些失踪的衣物，它们在树林间堆积如山。于是又有人认为肇事者是飓风。先是雷电引起了爆炸，伴随而来的飓风则将人们的衣服鞋袜席卷一空。但是有的人竟被吹出了 9 0千米之远，飓风能有这么大的威力吗？况且有的人身体被撕得七零八落，而站在他身旁谈话的其他人却一点也没有受伤，这又是怎么回事呢？还有人提出了陨石冲击、天然核爆炸、强烈地震等假说，但都不能完全解释这次大灾难中的种种奇怪之处。