古井井水并非咸水或半咸水。即使将苦咸的海水倒入古井，一会儿之后，井水依然纯净甘甜，令人称奇。有人分析认为，当雨水降落在地表后，一部分渗入地下。由于古井所处的海滩地势较低，渗入到地下的水便向古井海滩汇集。一旦井露，地下水就有了出口，在水位差的压力作用下，就会在井底形成泉涌之势。同时，因为古井底质为沙，沙的孔隙中的水质点较为稳定，淡水和咸的海水混合得非常缓慢，海水比重大于淡水，所以淡水可以浮在海水表面。但古井水质异常纯净的问题仍给人们留下了疑谜。有人用水质纯度测量表测得古井水比当地的自来水还要纯净，贮藏数年而不腐，这实在令人难以理解。