学者们发现薛家湾人的生活方式极像吉卜赛人，其女子的长相也颇似吉卜赛人。于是，有人猜测他们是吉卜赛人的后裔。中国天津史学家杨志政支持这种猜测。他考证说，元、明时，蒙古帝国占领了印度北部，使生活在当地的吉卜赛人向中国西北部流徙。在《元史》中，有“罗嘿 （即吉卜赛人）等扰民，宜依例决遣置屯田所”的记载；《明史》也有“明泰州（今天水市）有罗嘿户，汉人不与通婚，自相嫁娶”的记载。这都说明，当时的西北地区有吉卜赛人生活的踪迹。但有不少学者持反对意见，认为薛家湾人非印度吉卜赛人的后裔。有学者考证地方史，指出薛家湾人系苗族后裔，其祖先是被流放到敦煌时遗留下来的苗蛮。有学者根据一些遗存的古籍，认为薛家湾人的祖先可能是来自中国湘鄂一带的移民，身分是西征、戍边的兵士。