许多人对孔子杀少正卯之事却提出了怀疑。归纳其原因，有以下几点：一、孔子是主张“仁”的，“仁”是他整个学说的核心。并且，他明确阐述过“仁”的含义是“爱人”。另一方面，孔子是反对为政杀人的，怎么会当了七天的鲁摄相就大开杀戒呢？二、如果孔子真的杀了少正卯，无论如何都是孔子一生中的大事。《论语》是孔子门人及其再传弟子集成的一部专门辑录孔子及门人言行的书，为什么对这件大事只字不提呢？三、据史书记载，鲁定公十四年，齐侯与鲁侯会于夹谷，当使上卿相礼。其时，孔子正做司寇。鲁国因他知礼，故使他越次而使之，称为摄相。摄相之相，绝非宰相之相，摄相乃是相礼。相礼就是两国交往的礼相，与国政无涉。这样，孔子的职位仅仅是个司寇，根本没有诛杀大夫之权，怎么能杀掉“鲁国闻人”少正卯呢？四、《史记》载：卫灵公“三十八年，孔子来，禄如鲁”。卫灵公三十八年就是鲁定公十三年，既然孔子已去卫国，俸禄却同在鲁国一样，怎么会在第二年去诛杀乱政的少正卯呢？ 《史记》这种记载上的矛盾又如何解释呢？孔子是否杀过少正卯并非是一个毫无意义的问题，这件事影响到对孔子及其思想的评价。质疑者们提出的疑问，尚未得到令人满意的解释，从而使孔子是否杀过少正卯成为一件谜案。相信随着研究的深入，这个谜底一定会被揭开。