有人说，朱慈炯是在李自成掌握之中。据说李自成进城后，太监栗宗周把太子献给了李自成。李自成将他们留在军营中交刘宗敏看管。后来太子被李自成封为宋王。也有人说，吴三桂与清兵联合作战，打败了李自成。双方谈判。吴三桂提出的要求中有“归还太子”一条，因此，李自成把太子交给了吴三桂。还有的说，李自成自山海关大败，准备西撤，4月29日晚放火烧了宫殿和九城门楼，次日一早，挟崇祯的三个儿子往西撤退，此后再无太子的消息。有人说，太子已经落发为僧。有人考证是明朝翰林院编修李士淳带着太子一起潜逃到嘉应州阴那山灵光寺，并在那里削发为僧，度过余生。也有人说，他被清廷处死。还有人说，太子先被一民间老太收留藏匿于民家三个月后，因其家贫无力收养，被送到亲属周奎家。周奎不敢收留，听到清廷的搜捕命令后，便将其上交刑部。清统治者担心崇祯太子会成为明末遗民的精神支柱，不利社稷的稳定，下令将他处死。此外，还有许多说法层出不穷。有说太子从吴三桂军中逃出，先在皇姑寺暂住，后与太监高起潜一起从天津乘船南下；有说太子出逃时死于乱军之中等等，不一而足。