有人认为同治帝是得了疥疮。疥疮俗称毒疮或疔。李慈铭《越缦堂日记》说：“同治十三年十二月酉刻，上崩。之前，皇上患痈病，头颈和背部各有一个，都生了脓溃烂了。死前十日，皇上已多次昏倒，神志不清了。”这种讲法，信的人很少。还有人认为同治是得了天花而死。当时的官方典籍及其后的正史均持这种说法。而且人们在清代档案中发现了记载同治帝脉案的《万岁爷进药用药底簿》。它比较详细地记录了自同治十三年十月三十日下午同治帝得病，召御医李德立等入宫请脉，直至十二月初五日夜病死，前后37天的脉案，完全可以证明同治帝是因患天花而死的。这本脉案是敬事房太监根据当时的御医每天请脉记录和所开的方子，誊抄汇辑成册的。一些专家认为它是今天分析研究同治帝究竟死于何病的第一手宝贵资料。