光绪三十四年十月二十二日（1908年11月 15日）慈禧死于中南海仪鸾殿，终年74岁。慈禧病亡情况，后人传说纷杂。由于她的死，与傀儡皇帝光绪之死仅一天之隔，而且帝、后矛盾甚深，因此，帝、后之死便成为历史上的一大疑案。关于慈禧的病因，多数史料均说她是因患痢疾腹泻不止而最终衰竭而死。据《慈禧外记》载：西历1908年11月15日，太后仍于6点钟起床，处理朝政。“至午时太后方饭，忽然晕去，为时甚久”，“其根则由于夏间病痢太久，体气大伤也”。同日《内起居注》亦云：“是日，圣祖母太皇太后疾大渐，未刻，慈驭升遐。”从以上记载分析，慈禧之病由痢疾引起，而且逐渐加重，其病症并无必死的迹象。另从脉案记录分析，御医对慈禧之病，用药一直比较平和，并且主要由太医院主治，从未召外地名医入宫应诊。这说明慈禧并没有病入膏肓。反之，从她不断发布懿旨的背景内容来分析，她仍要继续把握清廷大权，直到22日临终前，才宣布授予摄政王载沣有裁定政事之权。由此可见慈禧为慢性病，导致病重是“因前数日感触劳乏，以致旧病复发”突然死去。