国内出版的不少通俗读本，如《祖国》等书在介绍《永乐大典》时，一般都认为，“1557年，皇宫奉天门、三殿等处着火，《永乐大典》经抢救免于焚毁。后来，明世宗恐孤本再遭意外，便命徐阶等109人，用了5年时间，摹写了一部副本，从此正本和副本分别藏于文渊阁和皇史晟。明末，文渊阁被焚，正本被付之一炬”。说得再具体一点，即指正本被李自成率领农民起义军焚毁了。起义军占领北京后，在皇太极和吴三桂联军的攻击下，被迫撤离北京。据史籍记载，起义军撤走时，曾放火焚烧宫楼。但是，有的学者指出，以上各种史书都没有明确记录说《永乐大典》正本被焚毁一事。既然文渊阁狭小，就安置不下1万多册的《永乐大典》及其他宋人诸集。文渊阁被焚，《大典》正本随之不存在的结论是不能成立的。