据《鲒埼亭集外编》载：雍正年间，《永乐大典》副本由皇史晟移藏翰林院，学者全祖望在翰林院看到了副本，并发现有缺，于是猜测正本下落说：“乃知其正本尚在乾清宫中，顾莫能得见者……予尝欲奏之今上，发宫中正本以补足之，而未遂也。”到了清朝末年，缪荃孙不但承袭了正本藏在皇宫内的乾清宫之说，而且还进一步发挥说道：“嘉庆二年(1797年)，乾清宫一场大火，正本被烧毁了。”这在《艺风堂文续集》中有明确记载。从此，《永乐大典》正本被毁于乾清宫大火说便正式流传开来。不过，有的学者指出这种说法是没有根据的，不足信。因为乾隆九年至四十年间(1744～1775年)，清政府曾对宫中藏书做过一次清理，所有善本典籍全部集中在乾清宫旁边的昭仁殿，编成了 《天禄琳琅书目》。《永乐大典》是书籍中的“庞然大物”，有1万多册，如果正本在乾清宫中，是极易被发现的。然而现在《天禄琳琅书目》中未将《永乐大典》编入，就证明正本当时并没有藏在乾清宫中，又据 《办理四库全书档案》记录，乾隆年间编辑 《四库全书》时，因为要从《永乐大典》中辑录佚书，由于副本有缺，为此宫里宫外都寻找《永乐大典》正本，但没有结果。可见，由于史籍没有明载《永乐大典》正本的下落，后人在此问题上又多加推测、臆断，所以正本究竟哪儿去了，始终未明。要揭开谜底，看来只能依赖于考古发现了。