云贵高原说以我国柳子明教授和日本渡部忠世教授为代表。渡部氏提出亚洲稻起源于“阿萨姆·云南”，柳氏则主张源自云贵高原，然后“沿着西江、长江及其发源于云贵高原的河流顺流而下，分布于其流域或平原地区各处”。汪宁生、李昆声认为云南拥有热带、亚热带和温带植物种类多达15000余种，素有“植物之国”之称，现在稻种资料达3000多个品种，从海拔40米直到2600米都有分布，更因其地理环境、气候特点，成为作物变异的中心，因而稻作起源于云南的可能性最大。日本的鸟越宪三郎更直接了当地主张稻作是起源于滇池一带。游修龄教授根据酶谱变异分析，也倾向西南起源中心说，并认为从此中心“分为西路沿金沙江进入四川长江上游，一直至陕西；中路从粤北、桂北经湘赣至华中，然后至黄河中游；东路沿海则在太湖地区形成独特的内容丰富的中心”。