根据传说，阿伊努人的祖先是从西方的某个地方漂浮到这个岛上的。据此，有人就设想阿伊努人起先居住在大陆，后来被蒙古人种族部落排挤到海岛上。其迁移的路线可能是经朝鲜、对马岛来到日本的本州，后来到达北海道。历史上，阿伊努族应为强势的民族，分布于日本的全境，到了8世纪，逐渐地衰落。8世纪末到9世纪初之间，也就是日本平安时代的中期，扶桑国的征夷大将军讨伐平定了本州北部的大部分地区，阿伊努人才被赶到了北海道。德川时代，阿伊努人主要生活在由日本控制下的东虾夷地，即现今北海道的南部，在那里至今仍可以发现阿伊努人聚居的柯坦（村庄）。