引导区遭受破坏：正常情况我们可以用杀毒软件来备份系统主引导区，留着备用。如果没有备份，那我们可以用KVW3000或者金山毒霸的硬盘修复工具HDFix.exe进行修复。
系统文件遭到破坏：如果系统文件遭到破坏但是电脑还正常启动，那么在WIN98下运行系统文件检查器即可。运行“SFC”，然后选择系统文件检查器中的从安装软盘提取一个文件，按开始按钮，提取文件即可。
在WIN2000/XP中可以运行 “SFC/SCANNOW”，并插入安装盘，系统就会自动启动文件保护，验证所有受保护的系统文件，选择修复即可。如果系统文件丢失导致系统不能运行，一般有提示，根据提示进入DOS，找到EXT.EXE后运行，输入安装压缩包所在的完整路径，回车后根据提示输入丢失的文件名，回车，接着输入目标路径回车即可。
应用程序遭到破坏：如果电脑病毒造成一些应用程序不能正常运行或者出现应用文件丢失等等，这时候建议对错误信息进行分析，然后试着修复。如果不能修复的话，将受破坏的程序删除，然后重新安装应用程序就可以了。
数据文件遭受破坏：如果没有备份的话就可以试着用相关的修复工具，例如R E C O V E R N T ， FINDDATA等，可能会挽救那些被破坏的数据。