真菌通过孢子进行繁殖，孢子与种子非常相似，但它更小、更简单，通常只含有一个或少数几个细胞，而且只是在外面包裹着一层坚韧的壁。最简单的菌类是从孢子囊里产生出来的。某些孢子有一个像鞭子样的鞭毛，用来在水里或潮湿栖地游动。然而，如面包霉之类的菌类产生的孢子则不会移动。孢子从很薄的菌丝的末端上发展，从食物上竖起来，产生出 “毛皮”般的霉菌外貌。
孢子的传播
菌类的孢子又小又轻，许多是靠风力携带的。蘑菇和毒蕈在地面上形成它们的孢子，一般是在菌褶里，微微清风就能将它们吹走。许多马勃菌是从体内溢出它们的孢子，轻轻一敲就能引起孢子从帽盖中的孔里喷出来。鸟巢菌的孢子靠雨滴弹跳出“巢”外。由于孢子非常轻，因此它可飘得很高并传播得很远。如果孢子降落在适当的地方，它就可以萌发并长成一株真菌。