当条件适合时，种子就摄入水分并开始生长。胚根穿破种皮，开始向下伸入土壤，不久后茎(或称胚芽)开始向上生长。种子发芽有两种不同的方式，若为地下性发芽，则子叶留在地下。而如果是地上性发芽，子叶就会破土而冒出地面，并透过光合作用制造食物。有些热带植物种子几天内就开始发芽；其他大多数植物的种子则会保持休眠状态，直到环境条件适宜。很多乔木和灌木的种子都要经过一个寒冷的冬天，才能开始生长。
光线与发芽
在适当的温度下，如果有充足的水分和氧气，种子就会发芽并开始成长。一般植物的种子在发芽的时候，并不需要光线。虽然也有一些植物没有光就无法发芽，但农作物等植物的种子在黑暗处更容易发芽。当种子发芽之后，光就是不可或缺的了，因为在黑暗处会使植物显得很衰弱。