粮食在收获、贮藏、加工等过程中极易受到霉菌、细菌、酵母菌的污染。当条件适宜时，细菌就能迅速生长繁殖，并产生毒素，使粮食及其制品变质。因此粮食在贮存时要采取防止微生物污染的措施及控制微生物生长繁殖的手段。
微生物生长繁殖时需要适宜的温度、湿度和氧气（厌氧菌除外）。粮食贮存时湿度过大、温度过高、氧气充足，则其中的微生物就会迅速生长繁殖，致使粮食及其制品发霉或腐败变质。
因此，粮食在贮存时不仅要求其本身含水量要低（含水率≤15％），而且贮存环境亦应保持低温、干燥、通风良好。
害虫在原粮及半成品中都能生长，如仓库室温在18℃～21℃以上、湿度在 60％以上时，则适于虫卵孵化繁殖。当室温在10℃以下时，害虫活动能力会减弱。仓库中主要有甲虫、螨类、蛾类等害虫。这些害虫不但会损害大量粮食，而且会使粮食带有不良气味、重量减轻、品质降低，也容易使粮堆发热。微生物进一步的作用就会使粮食霉烂变质。
为防止粮食及其制品被害虫侵袭，应改善储存条件，防止害虫侵入。必要时可用药物熏蒸以杀灭害虫和虫卵。
家庭贮存粮食也有不少办法，下面是三种防止粮食生虫子的方法：
为了防止米、面生虫，可用纱布把花椒或茴香缝成小包，放在米、面缸内（或桶内），外面的虫子不会再来，粮食里的虫子也会跑掉。
在粮食缸内放几枚螃蟹壳、甲鱼壳、大蒜头，也可防米、面生虫。
绿豆贮存时，把绿豆在开水中浸烫十几分钟后，捞出晒干，装入罐内密封起来，能长时间不生虫、不长霉。生了虫的绿豆也可以这样处理，以杀死豆子上的害虫和虫卵。