由于巧克力含有较多的脂肪（特别是饱和脂肪酸）和咖啡因，因此很多人都担心巧克力会引起血压的升高，增加老年人患心血管疾病的危险，也有人提出其中的咖啡因可能不利于儿童的生长发育。
巧克力是一种由可可脂、奶粉、糖等制成的高热能的食品，它不仅含有丰富的蛋白质（4.3％）、脂肪（40％）、碳水化合物（52％），还含有多种人体必需的维生素和铁、锌、铜、镁等矿物质。巧克力中虽然脂肪含量高，但其中所含油酸为单不饱和脂肪酸，有降低胆固醇的作用。巧克力中含有大量的天然植物化合物——多酚。实践证明，多酚是一种存在于茶、红酒、巧克力和葡萄等植物性食物中的天然化合物。
巧克力中的多酚不仅赋予了巧克力特有的香味，而且可以降低血小板的活化，转移自由分子在血管壁上的沉积，是一类很强的抗氧化剂，对保护心血管系统、抗动脉粥样硬化都有一定的作用。巧克力中的多酚还具有免疫调节作用，能改善免疫功能低下者的免疫状态，提高机体对抗外来有害物质的作用。对癌症的预防有一定的积极作用。
巧克力中所含的咖啡因微乎其微，与咖啡、茶、可乐等饮料中的咖啡因相比，巧克力中所含的咖啡因含量可以忽略不计。产妇在临产前可适量食用巧克力。这是因为巧克力所含的大量营养物质能在很短时间内被人体消化吸收和利用，热能高，而且香甜可口，吃起来也很方便。据文献记载，巧克力有100多种调节生理功能和治疗的作用，有人将其作用归纳为三类：
由于巧克力是高热能食品，所以可增加体虚病人的体重。
刺激表情淡漠且极度虚弱的患者的神经系统，但对过度兴奋者又可表现出安神、镇静的作用。
促进胃肠功能，帮助消化吸收，并具有利尿作用。