素食含热量低，蛋白质、脂肪不足，长期以素食为主容易引起营养不良。
我国人民饮食结构以碳水化合物为主，蛋白质、脂肪摄入量远比西方国家低。调查表明，我国多数人饮食中蛋白质、钙和核黄素普遍缺乏。营养学家认为，增加蛋白质摄入量是改进我国饮食结构的重要内容。显然，这也表明了长期食素的不科学性。
缺乏蛋白质、脂肪和不饱和肪酸
蛋白质是建造和修补人体细胞组织的主要原料；脂肪产热量很高；不饱和脂肪酸更有“人脑的食粮”之称，对促进智力发育十分重要。经常吃素的少女往往月经来潮推迟，吃素的女运动员容易发生继发性闭经。
影响维生素的吸收
食品中脂肪缺乏会影响脂溶性维生素 A、维生素D、维生素E、维生素K的吸收。缺乏维生素A容易得夜盲症和呼吸道感染；缺乏维生素D易患佝偻病和骨质疏松症；缺乏维生素E会引起溶血性贫血、脂溢性皮炎和氨基酸代谢障碍、免疫力降低；缺乏维生素K易引起各种自发性出血；长期食素还容易引起维生素B 1 2缺乏症，导致恶性贫血和神经退化。
缺乏微量元素
人体必需的微量元素，如锌、钙、铁等主要来自荤食。锌的主要来源为动物性食物，饮食中 80％的钙来自奶类， 80％的铁来自肉类和蛋类。素食中锌、钙、铁含量很少，却含有较多的植酸和草酸，会阻碍锌、钙、铁等微量元素的吸收。例如菠菜中含有的草酸能结合豆腐里的钙成为草酸钙，不能被人体吸收。因此，长期食素者容易发生因微量元素缺乏而引起的一些疾病。如缺锌可引起厌食症、异食癖、性功能低下和不育症；缺钙会引起小儿佝偻病和老人骨质疏松症；缺铁会引起贫血和影响小儿智力发育。