一种或几种化学污染物持续不断地随食品进入人体，在体内蓄积，经过相当长的时间才能显露出来的危害为慢性危害。
化学污染物的远期危害主要指“三致”作用，即：致癌、致突变和致畸。这些致癌物污染了空气、水、土壤，并直接或间接地污染食物，导致癌症的发生。人类的癌症中约有90％是由化学物质引起的，其中35%左右与饮食有关。某些化学污染物质能引起生物体细胞的遗传信息和遗传物质发生突然改变，使分裂后的子细胞具有新的不同于母细胞的遗传特性。有的化学污染物能够通过胎盘进入胎儿体内，导致胎儿畸形。
有机磷污染
有机磷化合物是一类高效、广谱杀虫剂，广泛用于农业、林业的就有60多种，主要品种有对硫磷、内吸磷、乐果、敌百虫、敌敌畏、杀螟松、马拉硫磷、甲胺磷等，其中大部分为油状液体。中毒原因主要是有机磷农药污染了食物。如：用装过农药的空瓶子盛放酱油、酒、食用油等；用同一车辆运输食品和农药；将农药和粮食或其他食品混放于同一仓库保管而造成误食；将刚喷洒过农药（尚未到安全间隔期）的蔬菜、水果投放市场，引起食用者中毒。
砷化物污染
砷化物大多数为白色粉末或结晶，如砒霜（三氧化二砷）和稻脚青（甲基砷酸锌）等。其外观与食盐、面碱、小苏打、淀粉等相似，容易误食。因此中毒原因主要是误食。如：误食拌过砒霜的种子、喷过砷剂的蔬菜和水果；用盛过砷化物的容器盛装粮食和其他食品；食入过量的含砷水生物（大虾含砷40毫克/千克，龙虾含砷高达170毫克 /千克）等。
铅污染
铅被广泛用于油漆、颜料、涂料、塑料、橡胶以及农药等，其生产废弃物会使大气、水、土壤和农作物受到不同程度的污染。铅中毒的主要污染源有以下几方面：含有铅的废水灌溉农田，使谷物中含铅量过高。
在被铅污染的水域养殖鱼、贝类。
食品加工机械的管道内壁用不纯的锡料或热酒的锡壶中含铅量过高。食品容器表面有含铅涂料，劣质陶瓷的釉含铅过高。
彩色印刷食品包装材料用的颜料，含铅量可达425～2300毫克 /千克。
用墙壁涂料或其他含铅量高的涂料加工的儿童玩具。
亚硝酸盐污染
亚硝酸盐是一种白色或淡黄色结晶，味稍苦且咸，外观颇似食盐。它能使血红蛋白氧化成高铁血红蛋白。人摄入0.2～0.5克即能引起中毒，3克便使人致死，是一种剧毒品。某些叶菜类蔬菜 （如菠菜、小白菜）、新腌制蔬菜、苦井水中均含有较多的硝酸盐，大量食用后，某些肠道细菌（大肠杆菌、变形杆菌、沙门氏菌、枯草杆菌等）会将硝酸盐还原成亚硝酸盐，便可引起急性中毒，即“肠原性青紫症”。
中毒原因主要有以下几种：
误食。多发生在建筑工地，潜伏期短，为20分钟至3小时，病死率高。
污染。用盛过亚硝酸盐的器具装面粉。
天然食物变质。新鲜蔬菜、海产品、剩菜剩饭放置时间过长，被细菌污染后可产生大量的亚硝酸盐。蔬菜腐烂后8天，其亚硝酸盐含量可达146毫克 /千克。煮熟了的稀饭4小时后亚硝酸盐含量开始增高，在存放一日后可达184毫克 /千克。
化学性污染的防护措施
防止食品受化学有害物质污染的主要防护措施：有关部门要加强食品卫生检验，未经检验合格的食品不准进入市场销售；对农产品的化肥、农药的使用要加强监督管理，要采用高效、低毒、低残留的农药，严禁滥用、乱放；要严格控制“三废”的排放，不得使用污染的水源灌溉农作物或养殖水产品；要严格控制食品生产中添加剂的使用，必须使用时要控制使用范围和用量；严禁用有毒的包装材料包装和保存食品；如发现有特殊外观、气味和颜色的食品（包括进口食品），应及时抽样检验，查找原因，如化学有害物质污染超过允许量时。未经消除处理，不得食用。