在斯福查公爵的宫廷里，作为艺术家的达芬奇，创作了《岩间圣母》和《最后的晚餐》这两幅美术史上著名的杰作，奠定了他在美术史上不朽的地位。
艺术的发展迫切地需要把人的情感从神的控制下解放出来，更需要人们能以理性的眼光去正确地认识世界，正确地认识自身，这就是当时，欧洲１５世纪资产阶级鼓吹的人文主义思想。
《岩间圣母》是达芬奇受委托而在１４８３年开始制作的祭坛画。画中的圣母马利亚完全像一位普通的慈祥的母亲，她坐在那里，用亲切的目光，和蔼的微笑抚慰着自己的孩子们。
她的右边是小约翰——施洗者，左边是小耶稣和一个天使。幼小的约翰和基督耶稣也嬉戏玩耍。小约翰模仿着大人施礼揖拜的动作，小基督伸出一个指头好像正向小约翰“咿咿呀呀”地说些什么。圣母用右手挽着小约翰，用左手遮在小耶稣的头上，好像要把这人和神在爱之中结合起来，耶稣旁边的天使，用手扶持着小救世主，另一只手指着小约翰，面带一种温柔、奇异的微笑，其中充满了痛苦的预感。她的音容姿态，显得美丽绝伦。圣母的母爱不仅从她的手势上表达出来，而且也从内心世界深刻的全神贯注上，从精神感受的高度集中上表达出来。她的手势似乎同时既为她的孩子祝福，又在保护她的孩子。小耶稣裸体坐在地上，一只小腿叠在另一只之上，一只小手张开撑在地面。看样子他还不会走路，只能在地上爬。可是，他的脸上已经完全现出超人的大智，同时又有孩子的天真。画中诸种之间的关系和世俗的亲情关系一样动人，就像是人间的一美满幸福的家庭。
圣母子、约翰、天使所处的山洞，传说是上帝创造世界的地方。那些岩壁像是庞大的深色结晶体。远处，从岩石中间看到带着潮气的阳光穿过雾云照在尖形的蓝山之上，这些山似乎非凡尘所有，像钟乳石。
那些被盐水波啮蚀了的岩石，表明这里像是干枯了的海底，阴暗的洞穴，如同水底下。地下泉水在攀藤植物和石松根上潺潺流淌，地上遍布兽蹄形的水草叶子和淡白色泽兰花的花萼。在这神秘朦胧的洞穴中，人体轮廓渐渐淡弱，而面容在忽明的光线中如同细致的白玉，充满内在的生气。人神之母和自然之灵的水乳交融，使画面呈现出浓郁的诗意和深邃的哲理。
从《岩间圣母》还可以看出，这是一件大艺术家兼大科学家的作品，画面上每一块岩石，每一棵草，每一朵花，都足以证明达芬奇在地质学与植物学方面的渊博知识。画中采用重叠的岩壁多方面反射过来的柔和的光线，不仅造成人物脸部与身体细致入微的质感，同时还赋予形象以独创的富有诗意的光晕。还有人体的组织构造，身上皱纹和女人鬈发的机械学法则，这些被科学家达芬奇用精确的实验证明的科学知识，现在又被艺术家达芬奇结合成一个富有诗意的画面整体，转变为一支生动的、无声的音乐，一曲美丽的，自然的赞歌。
达芬奇在自己的作品中，把高不可攀、可望而不可及的”神”拉到凡间，成了亲切、生动的人，人与自然景物浑然一体，安祥和谐的气氛与和谐静谧的自然景色令人神往，很自然地使人们想到温馨、甜美的家庭生活，圣母和耶稣就是这家庭中的一员……。
然而这幅画却遭到委托者的非难。他们以圣母子头上没有圣光，约翰没有十字架，天使无神翼为由，拒绝付款。并对达芬奇提起诉讼。讼事纠缠达２０年之久。直到１５０５与１５０８年之间，达芬奇的弟子阿姆勃罗乔·德·波列迪斯在达芬奇的直接指导下，完成了《岩间圣母》的复制画，在圣母、耶稣的头上加了光圈，给约翰加了十字架，让天使长上了翅膀，把这幅画交给了委托人，官司才算了结。但这幅画对于其摹本来说，可谓差之千里，望尘莫及。
１４９５年，达芬奇接受了米兰对马利亚·戴列·格拉契修道院的订约，开始制作后来闻名于世的不朽之作《最后的晚餐》。
圣马利亚修道院是一座砖墙建筑，带着帐幕形的伦巴底式的圆顶和粘土烧成的装潢物。修道院的餐厅是一间朴素的长条形的厅堂。墙壁刷得雪白，一条条深色的梁从这端伸向那端。厅内发出温暖潮湿的气味，混合着油烟和素菜的香气 。《最后的晚餐》就准备画在迎面的狭窄的墙上。
这幅画取材于《圣经》新约全书马太福音第二十六章“设立圣餐”一节。故事是，在逾越节那天晚上，耶稣预先知道他的死期快到，和他的１２个门徒在一起共进晚餐。吃饭时，耶稣忽然说 ：“我告诉你们，你们中间有一个人出卖了我 。”门徒们听到这句话非常震惊，每一个人都问他说 ：“主，是我么？”耶稣回答说 ：“同我蘸手在盘子里的，就是他要出卖我。”
出卖耶稣的犹大问他 ：“拉比，是我么？”耶稣回答说 ：“你说的是 。”
对于犹大出卖耶稣这一宗教题材，有许多画家都作过尝试，其中包括著名画家乔托、基尔兰达约、丁托列托等，但没有一个人获得圆满的结果。因为情节复杂，戏剧性强，要在一刹那之间表现这个场面是很难处理的。
达芬奇接受了这件订件之后，一方面细心地研究前人的作品，另一方面进入复杂的构思中。他按照习惯的创作程序，研究并搜集有关材料，进行一系列的速写、素描和草稿的准备工作。他画了无数素描和草图，详细地确定每一个人物的身份、年龄、性格和经历，寻找适合于他想象中的对象。然后再进入对这些人物各不相同的姿势、动作、手势和面部表情的勾画。同时，他还在笔记中记下了他对画中人物设计的许多想法。他孜孜不倦地探索着每一个登场人物的最佳形象及其特征。
达芬奇意识到他将创造出一幅举世无双的艺术杰作，他要把他的作品永久留给后世。因此，正式动画笔前，他对墙面作了特别处理。他先用搀和杜松漆和干燥油的粘土涂上，然后再涂一层孔香、柏油和石膏。为了防止潮湿的空气的侵蚀，他没有使用一般人们在壁上画画的“水色 ”，自己发明了一种“油色”。
有人警告他，油色画在潮湿的墙上，是不会持久的。
但达芬奇对此没有理会，相反，他更加坚定。他有一种开拓创新的特有的热情。
清晨，太阳刚露出头角的时候，达芬奇就起身，稍稍进食后，就去修道院的餐厅里。他整天都在画中漫游，直到天黑，画笔没有离开他的手。他甚至连吃饭和喝水都不想。但画了几天后，在一个或二个星期内，他连画笔也不碰一下。然而，他每天总要在这图画面前木架上站两三个钟头，观察、审查他所画过的东西。有时候，在中午最热的时候，他忽然推开自己手边的工作，匆匆忙忙穿过寂静的街巷，像是给一种无形的力量追逐一般，奔往修道院。攀上木架画了两笔或三笔，又走开了。
在画中所有的人物中，最难画的是基督和犹大。
为了寻找模特儿，达芬奇常在人群拥挤的大街上观察。每当发现一个长相特殊的人，他就整天跟在那人后面走，观察他，努力记下他的长相和特征。据说达芬奇这种断断续续时停时作的创作方式引起了修道院副院长的不满。他向公爵责问达芬奇为何如此怠工。公爵问达芬奇究竟如何？达芬奇解释说 ：
“他即使不画时，也在工作，而且工作得最多，因为是在构思。在酝酿怎样画。他说现在还有两个头像没有画完，一个是基督，另一个是犹大。前者让他想不出这个神圣的仪容是怎样美丽，人间是不指望有这样的模特儿的。后者贪婪和丑恶的灵魂如何得到表现，也让他煞费苦心。在目前的情况下，如果找不到更好的模特儿，他就把这个副院长的面孔画到犹大的肩上，说得副院长狼狈不堪，无地自容。
对于艺术一丝不苟的达芬奇当然不会真的那样去做。他只不过是嫌恶这种背后诬陷别人的坏家伙罢了。但也有传说，犹大的形象真有几分像那位副院长，副院长也曾恳求达芬奇修改犹大的头像。但人们认为没有比这更合适的人了。
无论如何，画中的每个人物都是作者观察了大量生活中的人物形象之后概括而成的。为了创作这幅杰作，达芬奇付出不计其数的汗水和艰辛的劳动。
１４９８年，《最后的晚餐》终于完成了。这幅画了四个年头的壁画，实际上是达芬奇数十年艰苦探索的结晶，从他在１４７８年就构思的草图来看，就已经苦心探索了２０年。然而，数十年的心血没有白费。它的问世立即震惊了那个时代的所有艺术家。
这幅画长９１０厘米，宽４２０厘米。它描绘的是耶稣在餐桌上向门徒们宣布“你们中有一个人要出卖我”的一刹那。这是最富于戏剧性的场面。耶稣的话使每个人都感到意外，并从心灵深处感到震惊。因为这句话预告了他们的老师即将死亡，同时也是对他们感情的信任和相互团结的沉重打击：叛徒就在他们中间。每一个门徒的不同性格，在此时作出了不同的反应。这一戏剧性的时刻，给画家留下了鲜明地揭示每个人性格和内在特征的广阔空间。画面上共１３人。
耶稣在中央，他的１２个门徒分四组列在两边。每边两组，每组三人。耶稣自然是构图的中心。他处于明亮的门洞构成的背景上，是两边墙面边线和挂毯端线延伸的汇合点。他的蓝色斗篷与红色长袍，以最强烈的感染力表现了他在壁画上处于压倒一切的地位，他两边的门徒彼此呼应，每三人形成一组，组与组又相联系。通过门徒的手势、姿态、动作和表情。把整个画面的注意力引向中心。
对耶稣的话特别引起激动的是最左边的那一组门徒。尤其是左端第一个门徒，年轻的巴多罗米欧，他不相信有这回事，因而情不自禁地从座位上跳起来，双手按桌，上身倾向耶稣，情绪非常激动。左边第三人是安德烈。他惊讶地举起双手，手心向外，似在摇动，仿佛他怎么也不能相信会发生这样可怕的事情，机警的小雅各凑近他耳边悄悄劝阻他 ：“不要过于激动，不要打草惊蛇 。”并神情紧张地把一只手扶在安德烈的肩上，他还把左手伸向左边第四人性情暴怒的彼德的肩上，制止他，怕他会做出过分的事来。同时，他也把组与组联结起来了。
最右端的一组门徒，好像正在对所发生的事情议论纷纷。右边第三人是年富力强的马太，他忍不住从座位上站起来，坚定地注视着耶稣，等待着耶稣发起果断的行动命令。右边第二人大胡子达太把脸转向右边第一人西门。一边听西门讲话，一边冷静地思考着。
从他的手势和眼神来看他好像已经猜到谁是叛徒了。
西门是个老人，显得沉着稳重。但对这突如其来的消息，也作出莫名其妙的手势，表示连他也不知道。
靠近耶稣右边的三个门徒，是多马、老雅各和菲里普。紧挨耶稣的是多马，他瞪大眼睛，伸出一个手指向耶稣发问 ：“什么？有一个人要出卖你？”并发誓说 ：“我绝不会干这种缺德的事 。”在他身边的老雅各张开双手，身体稍后仰，双臂碰到了桌上的杯子。
惊奇地说 ：“这是多么可怕的事情！”年轻的菲里普从座位上猛站起来，双手掩着胸部，好像说 ：“难道怀疑我会出卖老师吗？”
耶稣左边的一组门徒是约翰、犹大和老彼得。这是达芬奇关注的一组。温柔美丽的约翰经不起这突如其来的打击，紧闭双眼，浑身无力地歪向一边，双手交叉，有气无力地放在桌上。他那垂头丧气的表情，一方面好像在凝神倾听身旁彼得的耳语，另一方面则表现万念俱灰的绝望。性格暴烈生着虬髯的老彼得，一只手扶住几乎跌倒的约翰，另一只手却紧紧地握住一把餐刀，无意识地靠近犹大的肋部，暗示着要用它来对付那个出卖老师的叛徒。
在所有的门徒中，与众不同的是犹大。他的重心没有指向画面中心的耶稣，而是表现出与耶稣和众人的分离。听到耶稣的话后，他惊慌失措，身体本能地仰离耶稣，右手下意识抓紧了出卖耶稣得到的钱袋。
为了掩饰自己内心的恐慌，他左手在耶稣面前拉回食器，弄翻了小盐壶。画家利用光线在犹大脸上的阴影，暴露了这个叛徒鄙陋的面貌和丑恶的灵魂。
画面上每个门徒的面貌都栩栩如生，能看出每个人内心深处所受到的震撼，看出他们在世间最难解和最恐怖的罪孽面前所受到的深重打击。
在这极度紧张而又充满忠诚和义愤的门徒的包围中，耶稣沉静、安祥、庄严、肃静、视死如归。从他背后餐厅正中的窗外，透进夕阳的光辉，照在他的头上，形成了自然的圣光。他自然地成为画面表达的灵魂。
达芬奇不仅把戏剧性的冲突用到绘画中来，用以揭示人物的性格和内在特征，他还运用科学的手法，使画面在形成和内容、技巧和思想上达到了完美的统一。在空间处理上，他巧妙地利用餐厅壁面的空间和画面上被描绘出来的空间的相互关系，让他的画占据餐厅墙壁较高的位置，再适当安排画面的水平线，使观众的视觉和心理产生错觉，仿佛自己就是置身于耶稣及其门徒就餐的餐厅，亲眼看到“最后的晚餐”中的真实情景。此外，达芬奇还独创性地运用了透视法和远近法。他让耶稣成为整个画面的数学中心，驱使一切透视线都集中在耶稣的头上。从天花板到地板的透视，桌毯到壁挂的远近感，都是以耶稣的头颅作为中心点。这样，整个画面呈现着一种“向心力”显示出集中、统一的构图美。
达芬奇的《最后的晚餐》与后来米开朗基罗(１ ４７５— １５６４)的最后审判》、拉斐尔(１４８３ — １５２０)的《雅典学派》并称为文艺复兴盛期的三大杰作，成为古典艺术遗产中最具有纪念碑性的典范作品。欧洲画坛认为这幅画是所有伟大画卷中的最佳珍品，是欧洲艺术的拱顶之石，是千古不朽的杰作。
可是，《最后的晚餐》经历了百年沧桑，历遭浩劫，现在已被弄得模糊不清了。尽管达芬奇自己发明了“油色 ”，即胶粉蛋彩，也容易裂纹脱落。１６ ５２年，修道院的僧侣为了扩大门洞，把壁画中央人物的足部挖去一块。１７９６年，拿破仑的军队占领米兰，把原餐厅作了马厩，壁画中人物头部遭到士兵的损害。第二次世界大战中，餐厅又遭英美军队的炮击。近年来画面上霉菌丛生，出现许多原先没有的色彩，幸好这幅作品早有临本，其中以１５１０年所临的一幅最为完美，几乎与原作无异。但这毕竟不是出自达芬奇本人的手笔，其精要之处，也就不易见到了。