梅狄奇家族有保护艺术和科学传统的美名。利奥第十当然也恪守这一传统。在他的身边，集合着众多的诗人、乐师、画家和学者。他让这些艺术学家和科学家都有一个舒服的位置和丰厚的俸禄。拉斐尔此时已成为教皇所宠爱的红人，他穿金戴银，住在自建的华丽邸宅中，过着公侯一样阔绰的生活。米开朗基罗也正为教皇所重用，继续完成前教皇朱留士二世陵墓的雕刻任务。
可是，年迈的达芬奇在罗马却受到了冷遇，达·芬奇到罗马之后几日，在梵蒂冈宫内候见室中等候赐见，——他不是第一次在这里候见的人，因为这里连教皇自己渴欲见面的一些人也很难得见圣上的面哩。
达芬奇听着宫廷中人的闲谈，说起不久之后要举行一个盛大的游行，为了圣上嬖妾的一个奇形怪状的侏儒巴拉巴洛，这个侏儒，据说，要坐在一只刚从印度运来的大象背上，在街上经过。人们也说起了马里安诺修士最近一场伟业：不久之前，他当着教皇的面，晚餐时跳到桌子上去，在桌上奔跑，于哄堂的笑声当中敲着红衣主教和主教们的头，而且从桌子这一头把烤熟的鸡丢到那一头给他们吃，丢得鸡汁沾了主教们一身和一脸。
教皇是个瘪脚的音乐学家，但非常爱好音乐。奏乐时，他自己往往参加进去，以致奏得非常长久，害得那些有正经事情来见他的人陷于绝望状态。
一位不得宠的诗人在达芬奇耳朵边说，他已经在这里等候两个月了 ，始终不得教皇赐见 。他告诉达芬奇一个最有把握得见圣上的手段：那就是装做呆子！自称为“新巴拉巴洛 ”，请一位侍从向教皇通报，那么要什么就有什么了。
但是达芬奇不肯顺从这个忠告，他不肯自认呆子，他等了好久之后便走开了。
他仍旧住在当初亚历山大第六时代他住的那所屋子，——这是属于教廷造币厂的一所孤立的小屋，在圣彼得大教堂背后一条小巷之内，离梵蒂冈宫只有几步路，房屋古旧而阴暗，自从达芬奇离开罗马到佛罗伦萨去以后，好多年来没有人居住，现在又是潮湿的，而且比以前更加破烂了。
他走进一个宽阔的穹窿形的房间，石灰剥落的墙壁上现出蛛网般的裂痕，窗外不远就是邻家的墙，以致黄昏时候，外边还是明亮的，房里就已经什么也看不见了。他的徒弟们便与他挤在一个房子里。
没过几天，他的爱徒卓梵尼在绝境中自杀了。徒弟中了他的“恶眼 ”，受了他的智识树上的果子所毒害。达芬奇在他的笔记中发现他自杀前一日写的几行笔迹：
“白色女鬼无时不在，无处不在。她是该诅咒的！最后的秘密乃是：二就是一！基督和敌基督者是一个。
天在上，天在下。不，不当如此！不当如此！宁可死好！我把我的灵魂交到你的手里呀，我的上帝！审判我吧！”
卓梵尼死后，达芬奇在罗马居住就觉得很不舒服了。彷徨、等待，以及无可奈何的闲散，使得他厌倦。他平时的工作、书籍、机器、实验、绘画之类，都引不起他的兴趣。他把自己交付于命运摆布了，让命运践踏他，任意处置他，比过去更加能忍受些，因为他并不想去探究命运的无耻是否有个限度；他早已明白，这个限度是不存在的了。
教皇不喜欢这个做事缓慢、已成老态，然而还有点自以为是的艺术家。他听到关于达芬奇的许多事情。比如“他１５年之久奉承着穆罗公爵，以后上帝降罚了这个暴君，把他推倒了之后，达芬奇又去替另一个更凶恶的暴君，凯撒·波尔查服役；他自己是佛罗伦萨人，去替凯撒绘画托斯堪那区域的军用地图，为了帮助敌人来占领自己的乡土！”
还有达芬奇不仅反对人类之间相互残杀，而且慈爱动物，不大吃肉，甚至在市场上买到小鸟放到天空，让它自由。但是，达芬奇同时也发明了一些杀人机器，这些先进的杀人武器比以往任何时候都可以大规模地杀人。他还爱陪伴死刑犯到刑场去，为的是观察他们死前的面孔上最后的恐怖表情，以及在绞索勒住脖子时痛苦挣扎的姿态。
达芬奇还发明了飞翼，可是在试飞时，几乎让他的徒弟跌断了颈项。更使教皇惊诧的是，他的徒弟们曾经偷了尸体做解剖用。不仅从医院里偷出去，还从教堂公墓里掘坟挖尸。达芬奇本人就解剖了几十具尸体。甚至还从孕妇尸体中割取胎儿。这一点忽然触动了教皇的恻隐之心，他下令给“圣神修道院”院长，严令院长管辖下的医院，不许拿尸体给达芬奇，也不许达芬奇进医院研究解剖学，同时，他还提起了以前教皇的诏书：未得教廷准许而解剖人体者，当驱逐出教会。
一天，达芬奇来到西斯廷教堂，去看米开朗基罗作的大型天顶壁画。在天花板和穹窿形的天顶，他看到了米开朗基罗不久前刚刚完成的“创世纪”。
这组画共长４０米，宽１1 ４米。中央部分，是九个圣经传说的场面 ：“上帝区分黑暗与光明”、“创造日、月与动植物”、“创造鱼和海中其他动物”、“创造亚当”、“创造夏娃”、“失乐园”、“洪水”、“挪亚醉酒”和“挪亚筑祭天”。
在这些构图中的每一幅角隅上安排了裸体青年。
在穹隆的两侧描绘了七个先知和五个女巫。一共画了 ３４３个人物，其中有１００多个比真实人体大两倍的巨人形体。米开朗基罗为此耗费了四年心血，付出了巨大的才华和精力。
达芬奇在这里仿佛见到梦境中的景象：上帝在混沌怀中判别光和暗，创造万物，拿泥土造亚当，又拿亚当的一条肋骨造夏娃；人类始祖的堕落、洪水，元素精灵以永恒的音乐和舞蹈伴随着宇宙悲剧。翱翔在宇宙间的耶和华，贯穿着排山倒海的激情，他的形象奔涌着造物的漫无止境的力量，还有对命运大胆挑战的亚当和夏娃，激情高涨，性格鲜明的众先知……画面上处处闪烁着激情、力量和神采。达芬奇被这壮丽而激动人心的画面深深地打动了。
此时，他又想起了拉斐尔的壁画。如果说，在米开朗基罗的壁画中人们感受到了磅礴的气势和强烈的感染力，那么，拉斐尔则是在画中的和谐宁静中展示他超人的天赋和才华。
拉斐尔神奇地把基督教的神与古典的美统一起来，在传统的题材中表现出大众喜爱的趣味来：教皇朱留士第二想把法国军队逐出意大利，拉斐尔便画了一幅天兵驱逐叙利亚元帅，亵渎神圣的赫利奥朵离开最高的上帝庙堂之图，来奉承他；教皇利奥第十自命伟大的演说家，拉斐尔便画了一幅利奥第一大帝劝说蛮王阿提拉莫攻罗马之图，来奉承他；利安那之战进，利奥第十已经做了法国俘虏，幸而逃脱出来，拉斐尔又画了一幅使徒彼得因奇迹而出狱之图，来奉承他。
拉斐尔便是这般将艺术变成了教皇宫廷的一个必需的成分，教廷谄谀的一种甜蜜的香味。
拉斐尔来自包比诺，梦一般的少年人，具有一张无邪的圣母面孔，好像下凡的天使，——他却很懂得看重他的尘世利益的。他替罗马银行家阿果斯丁诺、契基画马厩里的壁画，又画金匙和金碟，这些食器就是契基款宴教皇后抛到底伯河里去的，免得别人拿去使用。这个“幸运童子 ”，如某人称他的，轻而易举地获取了荣誉、财产和爵位，他的和悦可亲，能解除他的最恶毒的仇敌的武装。他并非假装的。所有的人都祝福他，幸福仿佛自动地投进他的怀里来。布拉曼特死了，新建大教堂这个肥缺就落在他的手里，他的进款一天多似一天。红衣主教比比那要把侄女儿嫁给他，但他还在观望着，因为他还有可能穿上主教红袍子的希望呢！拉斐尔在新城区自建一座华丽的宅邸，在那里过着公侯般阔绰的生活。商官贵爵以及外邦使臣，从早到晚，拥挤在他的候见室中，求他画肖像，或者其他的图画，以作纪念。他忙不过来，通通推辞了。但是那些求画的人不肯放松，简直是包围着他。
好久以来他就没有工夫自己画图了。每幅图画，他只开始画二三笔，便交给徒弟了，让徒弟去画，而且很快画好。拉斐尔的工场变成了大工厂，在那里，那些敏捷的人物如朱里奥·罗曼诺之类，以惊人的迅速和大胆，将颜色和麻布变成响亮的金钱。他自己再不讲究画得尽美尽善了，能敷衍得过，他就满意。他替俗人服务，俗人也替他服务；俗人很兴奋地视他为他们的优秀分子，当他们的宠儿。拉斐尔得到了普天下往古来今最伟大的艺术家的声名。拉斐尔成了“画圣”。
拉斐尔·桑楚这个轻易的和谐，他的学院式的、死板的、虚假的和谐，对于未来艺术来说，是比米开朗基罗的分歧和混沌更有害多了。
达芬奇揣摩着他自己与米开朗基罗和拉斐尔的画，他思考着，他们的艺术表现了什么？说明了什么呢？他不禁又想起了以前关于绘画与雕塑谁高谁低的争论，想起艺术家的责任与使命以及其本身的素养。
他回到房间里，打开断断续续写下的《画论》的笔记，又开始写下他对艺术的思考。
在达芬奇看来，绘画是自然界的一切可见事物的唯一的模仿者。因此，我们称它为自然的儿孙。因为一切可见的事物一概由自然生养，这些自然的儿女又生育了绘画，所以，称绘画是自然的孙儿是顺理成章的。画家的任务是观摹自然、描绘自然，再现自然作品和世界的美。画家若专以他的画为准绳，就只能画出平凡的作品。要是他愿意向自然学习，就可以获得优异的成绩。
罗马人彼此抄袭成风，以致艺术不断衰落，一代不如一代。直到乔托，没有受他的老师契马布埃的局限，在岩石上画下他所看管的山羊的动态，描绘在山村中能见到的一切动物，达到了几世纪以来的最新高度。
画家既要摹仿自然，他的心就应当像一面镜子，如实摄进摆在面前所有物体的形象。镜子借助轮廓与光影使物体突出，而在你的色彩之中，还要具备比镜子更强烈的光和影。假设你不是一个能够用艺术再现自然一切形态的多才的能手，也就不是一位高明画家。
不过，倘若画家一味膜拜自然，做自然的奴隶，他的画也会贫乏无力。画家在自由创作上，可以与自然竞赛，并胜过自然。因为，他是所有人和万物的主人，无论画家看见迷恋的美人、骇人的怪物或滑稽可笑的东西，他都可以创作出来。
“由于本质、由于实在、由于想象力而存在于宇宙间的一切，画家都可以存之于心中，然后表之于画上。他并且把他们表现得如此卓越，可以让人在瞥间同时见到一幅和谐匀称的景象，如同自然本身一般。”
比如，画家能创造那些不遭风雨而又微风吹拂的、开遍各色鲜花的草地；那有从高山倾泻而下的河流，势如汹涌澎湃的洪水；还能创造暴风雨的海洋，在那里，海水和狂风激战，跃起傲慢的巨浪，它落下时就去毁那些正在海上作恶的风。这样怒海方才平息。但有时它被风击败，逃离海洋，向邻近海角的高岸突进，翻过山巅，落入另一侧的溪谷里。这时，海水一部分化成飞沫，一部分化为阵雨落归海中。还有一部分落在高高的海角上，化为雾气，这雾又被风击碎在海岬边缘，产生被风追逐的乌云。
画家要胜过自然，还在于自然的天生丽质的美，将随年月的消逝而迅速磨灭，而画家的画，却可以保存永久。
因此，绘画是一门具有神圣性质的科学 。“如果你藐视绘画，你势必藐视一种深奥的发明，它以精深而富于哲理的态度专门研究各种被明暗所构成的形态。”
而画家的心灵，变得和神灵的心相仿佛。一切不尊重画家，不尊重绘画的人，只能说明他们无知。
达芬奇又想起关于绘画和雕塑、音乐、诗歌，究竟谁高谁低的问题。
他认为，首先，绘画高于诗歌。诗用语言把事物陈列在想象之前，而绘画确实地把物象陈列在眼前，使眼睛把物象当成真实的物体来看。诗所提供的东西就缺少这种形似，还要依靠想象，想象所见当然比不上肉眼所见的美妙。绘画与诗的关系，正如物体与物体影子的关系。而且，绘画替最高贵的感官——眼睛服务，眼睛是心灵之窗。诗则替较次一级的感官——耳朵服务。
其次，绘画高于音乐。虽然音乐的和声产生于同时响出、合乎比例的各部分的联合，但音乐的和声在节奏中生出，不能经久不变，绘画则不会方生即死，它生动地保存了人们昙花一现的美。
第三，绘画高于雕塑。
雕塑，在达芬奇看来，只是一种最机械的手艺，不能称之为科学。雕塑家只要简单地量量四肢，懂得动态和姿势的原理便足够了，对透视毫无所知。雕塑作品也没有色彩美，缺少色彩透视、线透视，也没有远处物体朦胧的轮廓，同时无法表现透明和光泽。例如透过薄纱的肌肤，清澈水底五色缤纷的石子。
画家在经营作品时，须考虑光亮、暗影、色彩、体量、外形、位置、远、近、运动和静止十个项目，需要高超的智慧和技巧，其中包括雕塑的技能。绘画作品以它的科学手法使平坦的表现呈现出辽阔的风景和遥远的地平线。能表现难以透见物体形状的雾霭，能描绘背后透露出云团、山峰和山谷的烟雨，能画出清浊不一的溪流，能画出在水面与水底之间遨游的鱼儿和光洁的卵石，能画出头顶的星辰和许许多多的雕塑家不敢梦想的东西。
总而言之，在一切艺术门类中，绘画是最高尚的艺术。
绘画是如此高尚的艺术，那么画家就应该成为一个注重荣誉而非金钱的高尚的人。达芬奇想到目前自己的境况，不禁产生自嘲之感。他想起自己为一幅画精雕细刻十几年，这样怎么能给他带来财富呢？不过，他坚信他留下的作品虽然不会给他很多的金钱，然而却会有无上的荣誉。金钱的占有者是引人嫉妒的，然而，他们留下的不会是荣誉的名声，而只是财主的名声。古今多少帝王公侯，生前家财万贯，但死后却没在我们记忆中留下一丝痕迹。人的美德和荣誉比他财富的名声不知大多少倍。在钱财上一贫如洗的人，在美德上却是豪富。如果一个人是靠钱财而不是靠美德来满足，那么与其他下贱畜牲有什么区别呢？为美德而奋斗就是精神和肉体双方的食粮。美德是人的最忠心耿耿的财富。
不久，朱良诺·德·梅狄奇向哥哥教皇利奥十世请求，让达芬奇给他画一幅画。教皇推辞不过，只得答应了。
达芬奇着手准备，同平日一样迟缓。他做了很多预备工作，还在改良颜色，并发明了一种新漆为这幅画用。然而却迟迟没有动手画。
利奥第十得知这个情形时候，便假装绝望生气，喊道：
“这个怪人永远做不成一件事情！他一心只想着结局，却永远不去动手做 。”
宫廷中人抓住了教皇这个玩笑话，在罗马城里到处散播。达芬奇的命运已经注定了。利奥第十，最伟大的艺术鉴赏家，已经判断了他。
好像是大家约好了一般，所有的人忽然都离开了他；人们忘记了他，好像忘记了死人。但教皇的判词还是有人传到他的耳朵里去的。
这天晚上，当他一人独处时候，他在笔记内写道：
“忍耐之于被侮辱的人，正如衣服之于挨冷的人。
天气越寒冷，你就越加要穿暖些，那时，你就不觉得冷了。同样，你受的侮辱越重，你也越加要忍耐，那时侮辱就不会伤损你的灵魂！”
达芬奇默默地承受着这一切，他已经老了，头发已经变成了灰色，胡子从颊骨底下生起，直垂前胸，也有点灰色了。淡蓝色的眼睛底下已有了老年的沉重的泪囊。下垂的口角有时露出厌倦一切的神气。但是，他的心里明白，他的艺术将会对人类发生什么样的影响。而这一切，并不是教皇的判断就能够决定的。
但是，罗马已不是达芬奇的久留之地，他在寻找机会，离开这里。
１５１５年１月１日，法兰西国王路易十二死了。
他没有儿子，由女婿弗朗西斯即位，称弗朗西斯一世。
新王即位，便御驾亲征。他统率大军迅速越过阿尔卑斯山，攻入米兰城。
达芬奇听到这一消息，便感觉到离开罗马有了希望。他去了新国王的行宫，并在欢迎弗朗西斯一世的盛会上制造了一只自动狮子。这狮子在大殿上奔走，在国王面前停下，后脚直立，胸前洞开，献出一束法兰西国花白百合花在国王陛下的面前，立即使国王异常高兴。
弗朗西斯一世在意大利聘请学者名流和艺术家去他的宫廷服务，这既能获得美名，又能带来很多实惠。
他希望能把达芬奇、拉斐尔和米开朗基罗都召来他的宫中，但是，他知道教皇是不会放走他宠爱的拉斐尔和正担任巨大工程的米开朗基罗，于是，他只好单聘请达芬奇。他答应给达芬奇提供可观的年俸，并把他离宫安波斯城堡旁边的克鲁庄园拨给达芬奇居住。
终身颠沛流离的达芬奇，希望自己能有一个安静的晚年，他觉得克鲁庄园应该是自己的归宿。他接受了国王的聘请，决定前往法国。
１５１６年初春，他带着弟子默尔齐等和仆役、厨娘，踏上去法国的路程。离开故乡，离开意大利，他知道这一去将意味着永别。他最后从山上俯瞰伦巴底，这还是早春的正在苏醒的土地。他没有惋惜，但还存在着希望。他仍然属于意大利。他相信意大利总有一天，还会给他无上的光荣和名誉。