1549年11月10日，保罗三世崩驾，朱理三世登基。不久，米开朗基罗面临着走上被告席的困境。
反对米开朗基罗的人到处散布蛊惑人心的言论，攻击他对建筑是十足的外行，把金币扔进毫无意义的修改工程中，并随意篡改前人的建筑方案。
1551年圣彼得大教堂的行政管理机构也加入了反对派的行列，并发起组织了一个调查委员会，由朱理三世担任主席。
大厅里紧张的空气令人喘不过气，70多岁的米开朗基罗在众人敌视的目光下，像一个等待审判的被告。
“米开朗基罗，你知道有罪吗？”塞维尼红衣主教故意拖长声音，他想扮演一个严肃的大法官。
“主教大人，每一个生命降临，都是为了赎罪，但丁《神曲》中的‘炼狱’一段，你看过吗？”米开朗基罗的回答使众人感到吃惊。
“我是在问你。”塞维尼有些恼火了。
“我们都是上帝的仆人，你还没有回答我的问题。”米开朗基罗毫不相让。
“好吧，咱们换个谈话方式。”塞维尼不想在众人面前丢丑，只好采用以退为进的策略。“你作为建筑师，为什么不愿拿出你的详细计划？”
“我没有这种义务通知你，你的责任是监察经费支出，其他的事与你无关。”米开朗基罗毫不客气地反击。
平静的大厅里过了一会才发出窃窃私语，有的耸耸肩膀表示无可奈何，有的偷偷地看一眼米开朗基罗，害怕引火烧身。有的则要站起来，与米开朗琪罗大吵一场。
塞维尼觉得自己大丢面子，决定抛出最敏感的问题，“米开朗基罗，请你仔细地回想一下，在这几年里，你的非法收入是多少？”
如果在没有掌握确凿证据时，提出这样的问题是一种最大的忌讳，众人心里都明白。现在既然提出，除非塞维尼已经掌握了重要线索。
这时，米开朗基罗脸上的每一个细微表情都会被众人抓住把柄，成为一种嫌疑证据。
“主教大人，你在履行监察职责时，应该发现了事实，否则你是在渎职，辜负了上帝的一片厚爱。”
“你指的事实是什么？”
“我拒绝领取任何一枚金币的报酬，圣父完全清楚。”
大厅里一片哗然，塞维尼气急败坏地跳起来，“不可能，你在撒谎。”
这时，米开朗基罗上前几步，依次指着众人的一张张脸，“你，你，还有你，如果基础再出差错，我要控告！……你来干什么，想来看笑话，笨蛋……
可怜的安东尼奥，你的事情，就是执行我的命令，明白吗？……你们每一个人都想知道我在想什么，好吧，我现在告诉你们，工作——”
米开朗基罗声音几乎震聋了众人的耳朵，他花白的胡子在颤抖，脸上的皱纹里都溢出了怒不可遏的神情。
被告成了原告，他就像《最后审判》的耶稣，高高举起了右手。
在调查委员会最后一次会议上，米开朗基罗向朱理三世大声地诉苦：
“圣父，你看，我挣得了什么？如果这些讨厌的烦恼继续干扰着我，那么我白白浪费了时间，使我痛苦越来越多。”
朱理三世拍拍他的肩膀，说了一句有趣的话，“灵魂与肉体，你都挣了，不用害怕。”