朱理三世的名声并不佳，但他毕竟多多少少地庇护了米开朗基罗，将那些恶毒攻击的影响减轻到一定程度，否则米开朗基罗早就被撕得粉碎了。
1555年3月2日，朱理三世因纵欲过度死去。5月9日，塞维尼红衣主教被推选为新教皇，名为马赛勒斯二世。
消息传来后，朋友们都为米开朗基罗的安危担忧。米开朗基罗也想逃走，但又舍不得圣彼得大教堂的工作，他在写给侄儿的信中说：
“我是不由自主地被任命作这件事情的。8年来，在烦恼与疲劳中间，我徒然挣扎。现在，建筑工程已有相当的进展，可以开始造穹窿了。如果我离开罗马，一定会使作品功亏一篑，这将是我的大耻辱，也是我灵魂的大罪孽。”
或许上帝也怜悯米开朗基罗的命运，几星期后，就召唤马赛勒斯二世离开了尘世。
新当选的保罗四世是一位性格狂热、脾气暴躁的教皇，他曾是将米开朗琪罗的女友科隆娜驱逐出罗马的主谋者。
他发誓要重新整顿宗教信仰秩序，从肉体上消灭意大利异教徒，宗教法庭和黑暗地牢成了他残酷统治的工具。
“圣父，有何吩咐？”米开朗基罗知道这位新教皇迟早会找他的。
保罗四世背对着米开朗基罗，小修道烷的雪白墙上好像隐藏了什么秘密，使教皇的眼睛迟迟不愿离开。
“米开朗基罗，你的意志必须服从教会，《最后审判》壁画已引起了异教徒的欢呼。”
“艺术的存在，每个人都会有自己的解释。”米开朗基罗有些不安。
教皇转过身来，若有其事地“嗯”了一声，“你每天都祈祷吗？”
“正像你所希望的那样。”
“来自威尼斯的阿列迪诺的声音，你应该知道一下。”教皇指指办公桌上的一篇文章，“请你念念。”
“在世界上最大的礼拜堂里……画上没有一点尊严的天使、圣人，而且剥去了所有的天国装束。”
米开朗基罗抬起头说：“圣父，这是一个无耻的小人。”
“不，阿列迪诺代表了忠诚的信徒，他们都不愿看到罪恶和邪说。”教皇冷冰冰的声音钻进了雪白的墙壁里。
米开朗基罗还想争辩：“天天都有虔诚的教徒来朝圣，我的壁画使他们感到赎罪的重要性。”
教皇不想与这倔强的老头再谈下去，他感到厌烦：“把《最后审判》的那堵墙壁刷白，和这里的墙一样，然后你再画点什么。”
艺术中的裸体形象引起了统治者的恐慌，他们害怕自己的丑恶灵魂将得到严厉的审判，只有文雅的外表才能稍稍使他们的心理得到一丝安慰。
《最后审判》成了统治者镇压异教徒的一个证据，或者说是壁画政治舞台上的牺牲品。即使是纯艺术的象牙塔也只能是不堪一击的脆弱名词，何况这幅壁画上还寄托着作者爱憎分明的英雄主义。
米开朗基罗没想到这场风波时隔十几年之后再次猛然袭来，他似乎无法承受这个残酷事实：
早在几天前，我的心潮就已经来到破舱里，穿过海上的恶劣天气，来到那个海港里，我的好的和坏的货物。
数着每一桨，看看是否会走好运。
为暴君，为虚构的上帝贡献出我的艺术——我集中精力，真心诚意，而现在才知道，他玷污了我的事业，只在人们中间，散布灾难。
可怜我，爱的思想忐忑不安；两种死期迫近，我的血液冰凉。
一种早已在这里，另一种应该等着我；拿着画笔和雕刀的时候，不要忘掉灵魂，为自我祈求爱，我们拿着十字架，把手伸出。
他的叹息和悲哀也得到了以厄科勒·冈萨加为首的红衣主教的同情，他们出于各种政治目的，开始了拯救壁画的行动。
“壁画得救了。”丹尼尔·达·沃尔特拉兴冲冲地进来。
米开朗基罗先是一惊，后来又重重地靠在椅子上，因为他知道这位画家朋友的脾性。
“教皇同意不刷白墙壁，但是……”沃尔特拉故意停住，笑嘻嘻地，想看看米开朗基罗的反应。
“遮羞布。”米开朗基罗立刻猜到了。
“对，对。”沃尔特拉惊奇地叫起来。
“去告诉教皇，这点小事，容易处理。如果教皇愿意把世界整顿一下，那么处理一幅画不必兴师动众的。”
沃尔特拉一听，急忙劝说米开朗基罗：“这件事的处理，我已争取过来，请你放心，我一定以最大的努力，只添上一层薄薄的遮羞布。”
“我，还得感谢你，裤衩画家。”米开朗基罗苦涩地说着。
“别生气，米开朗基罗，等下一个新教皇上任时，还可以把遮羞布撕掉。”
“谁来撕？你，我？”
米开朗基罗的担忧后来被历史所证明。1596年，克莱芒八世教皇还想涂掉《最后审判》。
“遮羞布”的风波并没有影响米开朗基罗的显赫名声，法国国王向他发出热情邀请，并以他的名义预先把丰厚的薪水存入银行。土耳其的苏丹大公特地准备一队人马，要护送他到君士坦丁堡去工作。
佛罗伦萨执政者催促他回去，为故乡奉献更多的杰作。故乡的市民则希望他能在罗马建造一座佛罗伦萨的教堂。
米开朗基罗收到佛罗伦萨方面恳求的信了，激起了他对故乡的热爱感情，立即动手设计教堂。
他凭着自己长期积累的经验，充分发挥了建筑空间的思维联想，将丰富多彩的建筑语汇构成了自己心目中的一座丰碑。
他充满自信地对故乡人说，如果他的设计图样能实现的话，那么即使是罗马、希腊的有名建筑都会黯然失色。
人们还从来没有听到米开朗基罗说过如此的豪言壮语，谨慎与谦虚才是他的座右铭。
佛罗伦萨人拿到他的设计图样兴奋不已，并在米开朗基罗的指导下，根据图纸制作了教堂模型。
大家都公认这是一个举世无双的新教堂，无论是外形整体设计，还是装饰变化，都具有创造之美。
但是由于经费问题，建造教堂一事中途夭折，更不幸的是那座教堂模型也失踪了。
对此，米开朗基罗感叹不已，他不得不再次相信命运，就像“遮羞布”
风波一样。该得到的总是得不到，不想遇见的事偏偏第二天就发生了。
猜疑的阴影不断地加重，在他晚年时，他常常会对自己制作的艺术品无端产生怀疑，甚至亲手毁坏。
不过他的对手阿列迪诺因中风病死在家里。保罗四世则是突然死亡，罗马市民高兴地拖着他的雕像头游街示众，随后扔进了台伯河中，并毁掉了指控为被告异教徒的一切档案。
米开朗基罗终于活着看到了这一切。