宗教改革后，法国主要存在三种教派，即天主教、新教和詹森教。天主教仍为国教，新教得到了信仰自由。直到1685年路易十四废除南特敕令，法国新教徒的信仰自由才被剥夺，大批新教徒流亡国外。法国境内还大约有50万左右新教徒，秘密维持着新教组织。封建国家在1715、1724、1750年数次颁布法令，重申迫害新教徒，新教徒常常用武装起义表示反抗。直至18世纪 70年代，专制政府才被迫逐渐放松迫害，1787年路易十六颁布《凡尔赛敕令》，承认新教徒的信仰自由和政治权利。
17世纪法国天主教会内部出现了詹森教派。詹森教是根据西属尼德兰伊培斯主教詹森的理论建立的，主张人只有得到上帝的恩惠才能得救，至于何人得到上帝的恩惠则是先定的，宗教活动不起任何作用。詹森教传入法国后，立即得到响应，信徒主要为资产阶级和知识分子，中心设在巴黎郊外的王家港。在“福隆德”运动中，不少投石党人信奉詹森教，引起王权对詹森教的仇视和迫害。路易十四亲政后，下令迫害詹森教徒，1709年逐出詹森教派修女，封闭王家港修院。1713年罗马教皇颁布敕令，宣布詹森派为异端。法王随即囚禁了2000多名詹森教徒。詹森教徒在迫害中，坚持活动，积极参与反对法国专制制度的斗争。
法国天主教自15世纪以来，向着“高卢主义”发展，即将法国天主教会置于法国国王控制之下。“高卢主义”在路易十四时期发展到高峰。1682年法国宗教会议草拟“四条款宣言”，宣称王权独立于教权，教皇不得作出任何侵害法国教会自由和权利的事情，重申了法国国王对法国教会享有高级教职的任免权和财产支配权等权利。
由于法国天主教会愈来愈臣属于王权，成为维护封建专制制度的精神支柱，所以受到王权和封建贵族的积极扶植，高级教职始终为封建贵族独占。
有人估计，18世纪法国天主教会总资产约40亿里弗尔，占法国总财富的1/3，教会地产占全部土地总面积的1/5，教会从其地产和什一税中每年收入2亿里弗尔，相当于国家总收入的3/5。教会内部的腐败和丑闻十分惊人。教会贵族聚财斗富，沉醉在声色犬马之中。一些主教府邸中珠宝成堆，奴婢成群，美女云集。天主教已经成为一种最反动腐朽的势力，注定要首当其冲成为启蒙运动和资产阶级革命进攻的目标。