拿破仑被任命为终身执政时年仅33岁，他要在一个欧洲大国牢牢掌握统治权，进而实现称霸欧洲的野心，就必须建立一个能听命于他的强有力的权力机构。共和八年和共和十年两个宪法的公布，已经使立法权控制在他自己手里，他还必须把行政权也牢牢掌握住，通过几年的努力，拿破仑终于建立起一个以个人专权为特征的具有高度行政效能的上下畅通的中央集权的国家机器，一个庞大的完全听命于他的中央政权。
[行政]对缺乏治国经验的拿破仑来说，他能够建立起适应时代需要的高度集权的新型权力机构，关键在于正视现实，敢于改革，善于用人。面对法国动荡的现实，他努力改革松散的行政机构，实行高度集权。拿破仑亲自挑选了有丰富行政经验的各种专家、名人共29人组建了具有最高行政裁决权的参政院，分成海军、陆军、财政、立法、内务五个小组，共商国家大事，成为拿破仑重要的决策咨询机构。拿破仑还在中央设立12个部，任命有真才实学的又有实际经验的专家担任各部部长，经营全国各类事宜。
拿破仑善于容人，只要是能人并愿意为他的政权服务，不问党派如何，即使曾经反对过自己，他也一概录用，委以重任，使各种人才，为其所用，听他指挥，参与领导和管理全国各方面的工作。他录用的人，有斐扬派的、吉伦特派的，也有雅各宾派的，还有热月党的，督政府的显要人物，其中最典型的是他对富歇的任用。拿破仑明明知道富歇狡诈、善搞阴谋。当时很多人也反对录用富歇。可是拿破仑却认为，富歇在警务方面有突出的才能，又投奔了新政府，应该任用。他说：“我们正在建立一个新的时代，对于过去，我们应当记住好的方面，忘却坏的方面”。决定留任富歇为警务部长，结果使其才能得以发挥，起了重要作用。
在改革中央机关的同时，还努力实行地方行政制度改革，取消大革命中确立的由选举产生的地方自治，把全国划为88个郡，郡以下设区或县，县以下设市镇。郡守一律由拿破仑直接任命，县长和市长一般也由拿破仑任命，唯有5000居民以下的市镇则由郡守任命市镇长，郡守和县长大都是富有经验、有管理水平的能人，又能直接听任中央指挥，从而使地方绝对服从中央的一整套资产阶级权力机构得以确立和完善，提高了办事效率，巩固了拿破仑的管理体制，使政府政策法令的贯彻从上到下畅通无阻。正如夏普塔尔所说：这种行政体制工作效率很高，“⋯⋯把政府的法律和法令以电流的速度传达到社会组织的基层”。
拿破仑的行政改革之所以能够奏效，除了他高明的用人政策是成功的重要原因之外，还在于这种改革，迎合了当时国内外的紧张局势，符合了革命法国的利益，因而也为人心所向往。因为只有高度统一的中央集权才能战胜国内外的强大敌人。当然，大革命中对封建特权的废除和封建割据的消灭，国家与民族统一的实现，也为拿破仑的行政改革扫清了障碍，奠定了基础，否则改革也难成功。
[警察]拿破仑积极改革侦察机关，建立严密的警察制度。他把警察从地方行政机构中分离出来，置于中央机构的直接控制之下，为此，他保留警务部，由密探头子富歇继续担任警务部长，主管治安工作。同时还设立秘密警察机关——巴黎警察总署，任用亲信担任总署负责人。与警察并存的还有组织严密的宪兵队，单独执行任务。拿破仑为使警察机关相互监视，使各警察机构并存，又各有责守，从中规定一套严格的告密制度，设有高级告密者，遇有重要情报，可直接密告拿破仑本人。警察系统成为拿破仑统治的得力工具。
[军队]拿破仑十分懂得军队在权力机构中的地位，他常常说：“谁有强大的军队，谁就正确”。他不断加强军队建设，建立了一支欧洲最庞大的军队。同时，还创立绝对忠诚于他的近卫军。为巩固统治，还在1802年5月，向国务会议提出创立“荣誉军团”颁授勋章的法案，规定荣誉军团由终身爵位的人组成，共有15个大队，分成5个等级，每名成员按等级享有不等的年俸。并把荣誉军团勋章制度推广到文职人员，以此奖励优秀的学者、专家和文职官员，调动各类人士的积极性。而训练有素的军队就成为拿破仑中央集权统治的主要支柱。
拿破仑还重视司法改革，在1800年3月就颁布了司法系统改革的法令，建立了金字塔式的法官等级结构。使司法权也集中到中央。
[宗教]拿破仑认为新政权光靠暴力实行统治是不够的，还必须有精神上的支柱，这就需要依靠宗教的力量。
拿破仑虽然不信任何宗教，却深深感到需要宗教来维护道德和巩固社会秩序，他说：“我从宗教那里看到的不是化身的奥妙，而是维护社会秩序的奥秘”。“没有宗教的社会就象一艘没有指南针的船”。他大胆地对教会进行改革，使教会隶属于国家，并利用广大人民的宗教感情为其统治服务。他颁布法令，准许开放教堂，使教堂用于宗教目的，取消教士宣誓，恢复礼拜日。他本人经常去教堂参加弥撒，表示对教会的友好感情，努力使教会成为新政权的有力工具。