[签订教务专约]为争取罗马教廷的支持，拿破仑排除种种干扰，派代表与罗马教廷谈判，施展各种手法使谈判成功，1801年7月15日，拿破仑与罗马教皇之间的协议—政教协议（即《教务专约》）在巴黎签字。不久得到罗马教廷批准。翌年，经法国立法院同意，元老院批准，最后由拿破仑作为国家法律正式颁布实施。
《教务专约》共十七条，其主要内容为：第一、天主教承认法国大革命的原则，革命中已没收的教产，不再要求收回，以“维护法国国内的安宁”，教会特权不予恢复；第二、法国承认天主教是“法国公民中绝大多数人的宗教”，承认公民信教自由，废除限制天主教仪式的革命法令；第三、天主教必须完全服从国家，为国家服务。规定“主教在就职视事之前，必须先直接向第一执政宣誓效忠，永远服从并矢忠于按照法兰西共和国宪法所成立之政府”。第四、法国设置九个大主教区，41个主教区。大主教，主教和首席教士均由第一执政任命，再由教皇和教会给予宗教授职，由国家支付主教和圣职人员的薪俸。而后，拿破仑又在《教务专约》上加了附件，即组织条例，共77条，使上述规定更加具体化。进一步明确了教会与国家的关系。规定罗马教廷的任何通谕、文告、法令、信件，未经法国政府批准，任何人不得接受、刊印、发布和执行。罗马教廷的任何人员未经法国政府许可，不得在法国从事任何活动。法国教会的任何活动，必须经法国政府批准方能生效。教务专约与组织条例的公布施行，就以法律的形式既维护了法国广大民众信教的自由，又使天主教从属拿破仑政权，将天主教由封建专制王权的精神支柱，变成了法国资产阶级国家的精神工具，成为“神职宪兵”，凡是举行圣礼时，都必须以“上帝保佑共和国，上帝保佑执政”的祷词作为结束语。后来又明确规定，教会对皇帝尽忠。
与此同时，拿破仑颁布了新教组织条例，承认新教与天主教拥有同样的地位，享有同等的权利。接着，又通过了关于对待犹太教的法律，宣布犹太教与天主教，新教处于完全平等的地位，同样受到政府的保护与照顾。拿破仑的宗教政策，深得人心，它不仅消除了国内的宗教纠纷，促进了法国人民的统一和团结，增强了国力，而且在国际上也缓和了天主教国家的敌对情绪，大大提高了法国的国际地位。
[平息反对派]拿破仑运用政权的力量，采取果断措施，平息和削弱反对力量，努力消除社会的不安定因素。他首先镇压骚乱社会的盗匪和王党的复辟活动。当时大批土匪、强盗等社会渣滓，横行乡间，拦路抢劫，杀死乘客，严重危害治安。拿破仑派出军队和警察四处出击，对罪犯一律就地正法。对窝藏盗匪和购买赃物者，或与盗匪有勾结者，也一律处死。对罪犯姑息纵容或措施不力的警官，同罪论处。拿破仑的严厉措施收效甚大，社会秩序迅速好转。
拿破仑对王党复辟势力，以巩固新政权为宗旨采取不同的对策，实行镇压和安抚相结合的方针。对发动叛乱顽固反对新政权的王党分子，坚决镇压。
拿破仑还贴出招安法令，呼吁叛乱分子投诚，对放下武器向政府投诚者，则赦免之。同时，允许逃亡者回国，只要不搞破坏，不再追究罪责。结果，分化了敌人的营垒，使大批在国外的逃亡者纷纷回国。旺代的叛乱也就很快被平息。少数顽敌则被围而歼之。但是，一小撮保王党头目错误地估计了拿破仑对亡命者的宽容态度。普罗旺斯伯爵（后来的路易十八）于1800年两度写信给拿破仑，表示愿意和解与合作，共同恢复波旁王朝。拿破仑断然拒绝，严正表示：法国决不允许封建制度复辟，他在回信中说：“您不应盼望重返法国，为此您需要从10万具尸体上踩过去”。1804年当拿破仑获悉波旁王朝的当甘公爵阴谋策划叛乱时，就派骑兵到德意志把公爵抓回，立即处决，表明了他坚决反对封建复辟的原则立场。
拿破仑对左派民主势力也一概打击。当时一些以王党为首的社会不满分子，先后数十次对拿破仑下毒手，进行暗杀，其中最严重的一次发生在1800年12月25日晚，在圣尼凯斯街上，凶手事先在马车上安放了炸弹，当拿破仑经过时，炸弹突然爆炸，拿破仑幸免于难，而22名无辜群众却因此丧命， 56人受伤。拿破仑乘机大肆逮捕和镇压雅各宾党人，1801年下令放逐130名雅各宾党人。与此同时，他还公然剥夺了人民的言论、出版自由。将全国 73种报刊查封了60种，对各种舆论严加控制，他配备专职图书管理员，及时送交报刊文摘，新书评析和各种剧本的脚本和招贴、广告，不允许招贴、报纸、书刊、戏剧中有损政府威信的观点出现，更不允许作为党派的工具进行煽动宣传。同时严禁工人结社罢工，1803年宣布夏普利埃法继续生效，还建立了反动的工人手册制度，作为迫害和刁难工人的档案，这种反民主反工人的政策，充分反映出拿破仑政权的大资产阶级本质。
[改革经济体制]拿破仑懂得要巩固统治，光有完整的权力系统是不够的，最可靠的方法是发展生产，增进福利，用强大的经济实力作后盾。当时法国面临的是国库空虚、经济不景气，只有改革经济体制，发展生产，才是振兴法国的唯一出路。拿破仑首先对财政系统进行改革，他任用财经专家担任财政部长，整顿和加强财政机构，改革税收制度，将收税权从地方集中到中央，剥夺地方政府对税额的分配权和征税权，由中央指派代理人负责地方税额的分配和税务的征收。中央还专门派出官员，对财政活动进行监督，保证国库收入。同时，厉行经济紧缩政策，健全会计制度，公开打击贪污和盗窃国家财富的罪犯，杜绝漏洞，节约资金。这些改革措施，起到了开源节流的作用，使国库收入大为增加，财政状况不断改善。
拿破仑认为，一个强大的国家必须有发达的工商业，否则就不可能真正强大。为此，政府采取国家订货，用巨额津贴补助，奖励竞争，实行发明专利权，举办博览会等各种办法刺激工商业的发展。尤其注意对新型企业的扶植和对技术的革新和新机器创造发明的鼓励。他说：“证明有必要采用机器，就如同证明太阳比蜡烛照得更亮一样”。拿破仑亲自参观某些工厂的技术革新，给各种机器发明人以巨额奖金。政府监督工厂严守技术秘密。1801年成立“奖励民族工业协会”，各郡、县、市镇还纷纷成立商会，协助政府保证和监督工商业的发展。接着还组成“工厂和手工场委员会”，研究、制订法国工商业发展的基本原则。他还采取特优照顾，引进国外的科技人才。
为加速资金的周转和流通，拿破仑还对金融业进行改革。1800年2月将 “往来存款银行”和“商业贴现银行”等私人银行进行改组，成立了新的国家银行——法兰西银行，拥有3000万法郎的基金，每股为1000法郎，200名主要股东选出了15名董事和3名监事。1803年4月7日，法兰西银行拥有发行钞票的垄断权，开始发行重五克九成纯银为一法郎的芽月法郎。使计算上的货币和实际使用的货币在价值上第一次完全相符。从而使法兰西银行在法国的金融业和工业生活中起着重要作用。
为保护民族工业的发展，拿破仑坚决实行保护关税政策，加强海关的管理，提高海关人员的地位，拿破仑称海关是“民族的围墙”，充分发挥海关的作用，有力地抵制外国商品在国内市场的倾销。促进并保证了法国工商业的发展。
拿破仑在重视发展工商业的同时，十分注意交通运输事业的发展。他常常巡视各地，敏捷地组织各郡行政，下令开凿运河，开辟港口，建造桥梁，修整街道，兴建纪念性建筑物，增加交通设施。其中著名的工程有：修筑巴黎大码头，开拓18条河道，新辟200公里运河，修建从巴黎到里尔、马赛、波尔多、斯特拉斯堡和布勒斯特的各条公路。从而畅通了交通运输，促进了工商业的发展，也为人民提供了工作机会。
拿破仑不仅维护小农土地所有制，而且把发展农业放在重要的位置上，他说：“农业，是帝国的灵魂，是帝国首要的基础”。他注意对农业进行改良，组织群众兴修水利，保证灌溉，下令排干沼泽以扩大耕地，严禁破坏森林，保持生态平衡。实行作物轮种制，培植推广新品种。采用新技术，种植葡萄和发展畜牧业。努力提高产量和谷物售价。拿破仑还提倡用甜菜制糖， 1811年3月颁布法令划出8万公顷土地种植甜菜，开办6所讲习用甜菜制糖的学校，帮助农民种好甜菜发展制糖业。所有这些措施在一定程度上刺激了小农的生产积极性，推动了农业生产的发展。因此，深得农民支持。
[经济发展与人口增长]由于拿破仑采取奖励工农商业的各项政策，使法国在相当长的时间内出现了安定、繁荣的局面，法国的经济有了相当快的发展，从1789—1815年间，各种工业品的产量都成倍增长，生铁产量增产1倍多，毛织品增产3倍，机器使用大大加多，生产效率十分显著。对外贸易头三年就增长了70%以上。粮食总收获量从1790—1812年增加10%，有些农产品成倍增长。拿破仑还分别在城市组织大规模建筑工程，在农村搞垦荒，使大批失业者得到了一定的就业机会，生活好转，巩固了社会的安定。只是到帝国末期，因连年征战，才使危机加深，工农大众处境艰难。
随着经济的发展，全国人口不断增长。从1801年的2750万人增加到1814年的2934万人，1814年的出生率达到33.9‰，每对结婚者平均生育5.15个孩子，这是法国历史上所少见的。