第二帝国18年的统治，大致可以分为二个阶段：专制帝国（1852—1858）和自由帝国（1859—1870）。拿破仑三世为维护统治，在帝国的不同阶段采取了不同的策略。
[专制帝国的措施]在专制帝国阶段，拿破仑三世实行的是赤裸裸的镇压手段。其主要措施有三：第一，大力强化军队、警察和官僚机构。把帝国军队从40万扩充到60万，把国家和地方行政官员从47万扩充到62万人，并建立起一整套严密的警察监视告密制度，严惩政府反对派。第二，严禁出版、集会，结社自由，取消一切民主成果。早在称帝以前，波拿巴就为自己统治定下了基调：1852年2月17日他发布新闻法令，规定一切报刊均需获得政府事先批准、登记在册后方可发行，并规定高额保证金和印花税。报社经理和主编由政府任免，编辑人员亦需备案审查。还建立惩治报刊的法庭，那些受过政府三次警告的报刊，必须立即停刊，书店销售的书刊均需受到审查。3月25日法令规定，取消一切政治性俱乐部，禁止一切结社和公共集会。全国 290个工会只保留了15个。1855年，昂赞矿区几位工人因组织共和主义协会，结果被判刑2至4年。第三，实行高压政策。波拿巴的军事独裁统治一开始就引起资产阶级共和派和广大人民群众的强烈不满。一些不满人士曾在 1853、1854、1855，先后4次行刺皇帝均遭残酷镇压。1858年1月14日，以奥尔西尼为首的三位意大利爱国志士，因不满皇帝对意政策，又用炸弹袭击拿破仑三世。死里逃生的皇帝趁机进一步强化专政措施。他以保障安全为借口，立即恢复1852年初实行过的“非常期”统治，还宣布，如他不在，皇后将主持摄政。为杜绝议员在当选后拒绝向他宣誓效忠的情况，他又通过参议院下令，一切候选人必需在选举前3天作出忠于皇帝的书面宣誓。2月19日，通过《安全法》，使镇压达到新的高潮。该法律规定，对有现行活动的反政府分子以及一切不满分子，可不经审判就将其投入监狱或流放海外。同时在全国对共和派进行搜捕和迫害，先后有 430名知名人士遭逮捕和流放，大批与奥尔西尼毫无关系的群众因此受到株连。
[帝国与教会]拿破仑三世十分重视宗教这一精神武器。他希望通过笼络教会使广大天主教徒脱离正统派而投向自己麾下，并以此赢得教士及受他们影响的农民对于官方候选人的支持。此外，政府还希望扩大宗教的社会和精神影响来对抗革命宣传。为此，皇帝努力与天主教结盟，扶植天主教会，并使教会享有一系列特权：红衣主教成为参议院当然成员，宗教预算逐年递增， 1852年为3950万法郎，1859年增至4600万法郎，而同期教育经费则从2300万法郎减少为2100万法郎；到1868年，宗教预算已占全部国家预算的10%，约为同年教育经费的20倍。教士享有优厚的物质待遇。教会还享有结社权和报刊出版权。在皇帝支持下，修女会等宗教团体成倍增加。修女从1851年的 34200人增加到1861年的89200人。至帝国末年，每730名居民中就有一个教士。教会学校从1850年的1277所增加到1863年的3038所。教会不仅受政府保护，而且受统治阶级资助：1852—1860的9年中，教会所得捐赠是前半个世纪总和的62%。这些被人们称为“黑衣强盗”的教士，充斥学校、机关、农村、城市，成为拿破仑三世统治的强大精神支柱。
不过，拿破仑三世和其叔父一样，只想利用教会而决不受制于教会。所以，他拒绝教皇提出的由罗马教廷任命法国主教的要求，也拒绝在法国恢复宗教婚礼，而且坚决取消反对帝国政策的教士的待遇，甚至还解散了一个拥有3万之众的拥护正统派的宗教团体。
[政府反对派的形成和发展]拿破仑三世的独裁统治引起了不同政见者的反对。根据对帝国的不同态度，反对派大致可分为左、右两翼。右翼反对派包括正统派、没有归附帝国的奥尔良派以及政见与之相似，组织上却不属奥尔良派的主张保护主义的资产阶级。大多数正统派遵尚博尔伯爵之命，不参与帝国政治生活，不担任需先向帝国宣誓效忠方能得到的公职，他们对帝国持消极抵制态度。少数正统派参加竞选，并在1860年后和教权派一起反对帝国对意大利的政策。没有归附帝国的奥尔良派属资产阶级自由派，其成员主要是知识分子，他们以资产阶级自由和议会主义为武器，在意识形态领域反对帝国。主张保护主义的资产阶级赞成奥尔良派关于自由的主张，尤其赞成经济自由，但又坚决反对帝国对外自由贸易政策，因为这项政策损害他们的利益，这派人中以纺织业和冶金业资产阶级居多。右翼反对派是保守的反对派，奥尔良派的梯也尔于1864年1月提出的资产阶级五项“必要的自由①”
概括了他们的全部政治要求，但他们并不从根本上反对帝国，也不反对一般意义上的王朝，只要拿破仑三世作出某些让步，给予一定的自由，他们就会接受帝国。
左翼反对派系指共和派，其共同特点是反对帝制或王朝，主张建立共和政体。但在具体政治实践上却又分成温和派和激进派。以卡尔诺、西蒙、法夫尔等人为代表的温和派，主张参加帝国政治活动，通过议会斗争逐步实行以共和制为最终目标的改革。以甘必大、费里为代表的激进派，主张和帝国作公开的包括议会外的斗争，反对一切妥协，以实行共和制度。
反对派在帝国初年虽未形成足以动摇帝国的力量，但在立法团中力量不断增强。1852年立法团中反对派议员只有3名，1857年达13人，其中5名属于共和派，组成了引人注目的“五人团①”，在1857年立法团选举中，反对派获得选民总投票数的13%，共和派在大城市及工业区影响扩大，首都有一半选区被共和派控制。1863年5月，反对派在立法团选举中结成自由联盟以对抗官方候选人，结果，反对派得票数成倍增加，包括梯也尔在内的32人选入立法团，其中共和派占17名。巴黎选出的议员全部是反对派，帝国从此有了一个站在自己对立面的首都。
然而，即使是激进共和派，他们也害怕革命运动，并摒弃一切通过革命来推翻帝国的做法。所以，资产阶级反对派对帝国的斗争只能是软弱无力的。
[向自由帝国过渡]随着帝国反对派的增加，拿破仑三世开始改变统治策略，从高压统治转而采取软硬兼施的“自由化”政策，向共和派和人民群众作某些让步。1859年8月15日，拿破仑三世以其叔父90诞辰为由发布大赦令，对政变时被捕的以及因《安全法》而受迫害的政治犯和被流放者，一律大赦，准许回国。 1860年11月24日，皇帝以法令形式宣布扩大两院权力，允许参议院和立法团有权对皇帝的演说发表不同意见，报刊可以公布两院辩论情况。1861年11月31日法令又规定，不经立法团通过，政府今后不得私自确定追加特别预算，从而加强了立法团对政府预算的监督权。
1864年5月25日，参议院法令宣布放宽执行严禁结社罢工的《夏普利埃法》，经批准允许工人罢工和结社，但不准举行秘密结社和集会。对被批准结社者，政府免费提供办公室和其他必要用品。60年代后期，在内外交困的形势下，皇帝再度扩大两院权限，1867年1月31日法令规定，两院有权对政府的方针政策提出质询；两院从原来只有建议权上升为享有质询权，这意味着议会对政府监督权的增强。同年3月14日的参议院法令使参议院享有责成立法团再议法案的权力。1868年3月9日的新闻法令，取消了报刊发行需获预先批准的规定以及对报刊的警告制度，并降低了印花税。同年6月颁布的“自由”法令，准许非政治性和非宗教性集会可以公开自由举行。